世界觀《Final Fantasy 零式》的故事背景設定在奇幻世界“歐立安斯(オリエンス)”,這個世界的人們在很久以前建立了 4 個名爲“培利希提裏姆(ペリシティリウム)”的機構來管理擁有獨特力量的水晶,並分別以“朱雀”、“白虎”、“蒼龍”、“玄武”爲名,隸屬于 4 個不同國家。
鷗曆 842 年水之月,擁有培利希提裏姆白虎的米利提斯皇國(ミリテス皇國),對鄰國朱雀領魯布路姆(朱雀領ルブルム)展開閃電侵略。
米利提斯皇國在發布宣戰布告的同時,將集結于國境附近的主力艦隊開向魯布路姆各地,對擔任培利希提裏姆朱雀的朱雀領魔導院展開奇襲。面對以魔導裝甲爲主力的皇國軍,培利希提裏姆朱雀則是以魔法與召喚獸來應戰。
召喚獸壓倒性的威力甚至淩駕于皇國軍戰艦之上,看來似乎能在最後一刻阻止皇國軍的奇襲。不過皇國軍隨即投入新武器“水晶幹擾器(クリスタルジャマー)”,阻斷了培利希提裏姆朱雀的魔力來源。
遊戲主角是14名在魔導院第零班就讀的訓練生,原本以成爲傳說救世主“覺醒者(Agito)”爲目標的少年少女,爲了對抗入侵朱雀領進逼魔導院的皇國軍,毅然組成小隊奔赴戰場。