眼睛色彩是一种多基因遗传特征，并由眼睛虹膜中的色素种类与数量，决定初始的色彩。人类与其他动物的眼睛色彩，拥有许多表型变异。许多鸟类拥有鲜明的眼睛色彩，这些颜色是决定于其他的色素，如蝶酸、嘌呤与类胡罗卜素。