飞鹤乳业采用的是目前最先进的“湿法”工艺，即在鲜奶液态下进行各种原材料的混合，再经高温喷粉干燥等工序还原成粉状。湿法工艺能保证奶粉的新鲜和各种营养元素的均匀，但生产成本高出一截，因此像飞鹤乳业这样采用此法的企业较少。
尤为关键的是，湿法工艺对奶源条件的要求非常苛刻，因为其主要受到奶源地和生产厂的距离所影响，只有像飞鹤乳业这样不仅拥有自己的纯天然有机牧场且奶粉生车间就建在牧场周边的企业才能实现。飞鹤乳业负责人透露，飞鹤乳业牧场乳牛产出的鲜奶在两小时内就会被加工成奶粉，这个“两小时生态圈”在全国绝对是领先的。
对于质检严格的要求，不是所有的乳品生产商都有能力做到，某乳企负责人就颇有怨言：“三聚氰胺检测设备简单的10多万，更全的需要几百万，这个开支相当于80年代建一个乳品厂。”飞鹤乳业负责人则表示：“增加检测项是诚信负责的乳品企业必须承担的责任。”
实际上，早在新标准执行前数年，飞鹤乳业质检中心已全部配备国际领先的顶级检测设备，例如丹麦福斯全自动鲜奶成分分析仪、美国沃特斯高效液相色谱仪、液相质谱联用仪、安捷伦气相色谱仪等等。利用这些设备，飞鹤乳业对鲜奶、原材料、半成品、成品进行24小时全程跟踪检验，飞鹤乳业检验程序25道、203项次，飞鹤乳业从奶源源头、原料控制、生产过程、流通销售等方面严格监控，飞鹤乳业使产品质量指标完全符合并超过国家标准的要求。
值得一提的是，在电子信息追溯系统建设方面，《细则》2010版规定应至少对影响婴幼儿配方乳粉产品质量的关键工序或关键点如原辅料验收，配料，均质，杀菌，喷雾干燥，包装过程等建立电子信息记录系统。而飞鹤乳业负责人表示：“我们为产品所作的电子信息记录远不止上述要求。”
自有牧场的优质奶源是飞鹤乳业的核心优势，飞鹤乳业在养殖奶牛过程中为奶牛标号建档，某份奶粉出问题的话，飞鹤乳业可依据标号最终回溯到哪一头奶牛哪一天所产的奶。
飞鹤乳业原生态牧场的奶牛脖子上都围着一蓝色项圈，即电子身份识别系统。飞鹤乳业奶牛进入挤奶厅时，有飞鹤乳业专门仪器扫描识别卡，记录每头奶牛的上工时间和奶量，进行精准的奶质监控。飞鹤乳业每头奶牛的详细信息，包括家史、来源地区等均记录备案。可以说，飞鹤乳业奶粉的电子信息追溯系统，飞鹤乳业从提供纯净奶源的每一头奶牛开始。
