[演出上的特徵]
在向着第三新东京市前进的真嗣面前,突然出现的使徒及EVA零号机的战斗展开了.真嗣得美里之助,前往父亲所在的NERV(1话 「再会する人人」).
成长了的真嗣被使徒打败,EVA初号机严重损伤.真嗣被困於机体之中,体验到绝望的滋味.之后,从呆滞状态恢复的真嗣,以自己的意志搭乘了从使徒身上取得的阳电子机关改造完的初号机(13话 「恐怖の后に来るものは」 14话 「死に至る病,そして」 15话 「シンジ,ふたたび」 ).
真嗣被捕获了,第一次和使徒互相对话,使徒目的的其中一部分变的明了了(16话 「敌の心の中で」).
零的秘密被明了了.终於觉醒了,从月球飞来的最强的12使徒,让EVA6号机和美国大陆一起蒸发,在压倒性的力量前自觉无力的人类(24话 「今,契约の时」).
为了阻止12使徒,联合国高层决定废止人类补完计画,并决定破坏拥有关键的古代遗迹「Aruka」的研究所.源堂反对(25话 「アルカ,约束の地」).
研究所被完全的破坏,全部的谜与剧情进入完结.(26话 「たったひとつの,冴えたやり方」).
〈人类补完计画〉
半世纪前,核融合成功,将「太阳」收入自己手中的人类,接着要以自己的手创造「完全的人类」的补完计画.
目的是,将神所有拥有的被禁止的「生命之树的果实」以科学方法造出,将「死」从人身上去除,再来是人所有的原罪及咒缚也消除,将全人类解放.源堂相信有了这个计画之后,可以把所有的人类都带向真正平等的一个理想乡.
参考)漫画版
第一话里零驾驶初号机的战斗场面就是从企划阶段留下的东西.
[解说]
到了这个阶段,已经变成和现在的EVA相当接近了.
企划会议中较大的变更点是,
1.EVA不再是第一始祖民族所造的物体,而是人类依照最初的使徒「ADAM」所做的.
2.人类补完计画成为一个主要的项目,使徒攻击人类就是为了使计画粉碎.
3.EVA初号机之中隐藏了碇源堂教授的秘密.
又及,使徒是各地的古代遗物这点是在企划会议阶段以来的潮流,但是在这个时候,关於「第2始祖民族」的一切都被取消了.再者,古代遗迹Aruka在这时也成为最终的关键存在.
脚本版
[设定]
1.SEELE的登场
操纵联合国内部的谜之组织SEELE出现.地位在人类补完委员会更上位的位置.再来,我们可以从它被叫做「亚森尼」及其为死海文书的所有者这点推测它与犹太教亚森尼派之间的关系.相对於源堂完全不具任何宗教色彩,SEELE就**了诸多宗教的要素,故产生了两者的补完计画的对立;也就是说,虽然探讨「原罪」的问题是SEELE的任务,但是源堂只是在那边冷眼旁观,而进行着自己的补完计画.
脚本版17话冬月「亚森尼好像也匆匆的修正了行动表.」
源堂「发生了死海文书所没有的事件,对老人而言是不错的药吧.」
2.S2机关的登场
从阳电子机关变更成S2机关,不过在这里使徒的动力来源还是阳电子.
脚本版第5话律子「没错,动力炉果然是预期中的阳电子机关.但是再怎么解析还是无法了解全部的构成物质,只能知道那是个未知的纯结晶金属物体.」
3.AT Field的登场
AT Field以一个对於使徒的重要概念出现,在这却是被叫作「心之壁」.
4.复制零的登场
即使是在企划阶段对於零仍然是设定成一个秘密的存在,但是却没有提到任何和复制有关的话题.另外,零的年龄是14岁;还有,和23话「泪」相当的剧情在企划阶段是不存在的.
相对的在脚本版之中,零在2010年只有5岁,这就是说零是2005年出生的,也就是在唯消失之后被做出来的.接着在23话「泪」中出现了零的复制场所.从这些资料看来,零的复制的存在应该是在脚本版时所加上去的.
5. 真嗣=神之子(神儿?)的说法出现.在这之后对於使用初号机来进行第三次冲击的仪式变的具体化了(参照剧场版).
脚本版21话SEELE「况且那个男人,碇的儿子,不能让他来做神之子.」
6.带着特别意义的Koa
使徒和EVA都有Koa,在脚本版被称作「自我」.
脚本版20话律子「接着出现了Koa.EVA初号机的意志,正在自我觉醒啊.」
律子「果然是她要把真嗣带走了.」
7.生态系的回复
第二次冲击以来混乱的生态系回复了,蝉第一次回来.又及,在这个阶段似乎还没有一年皆夏的设定.
脚本版4话老婆婆「老伴,是蝉耶.」
老公公「啊啊,是蝉啊.」
老婆婆「那个大异变以来15年了.隔了15年这个街终於也有蝉回来了.」


[被变更的要点]
1.死海蒸发事件—>变更成南极的第二次冲击.当然,第一次冲击的概念也一起登场,但是有留下死海文书的设定.
2.被使徒捕获的真嗣与使徒的对话取消了,改为与自己内心的对话.由此可知,使徒述说自己的目的的场景也取消了.
3.联合国军与NERV的战争???就企划阶段而言是在25~26话,打消与使徒作战的念头的联合国高层认为NERV理当要破坏掉.在被公开的脚本之中,25~26话和TV版一样有描述内心世界的场景.但电影版25话的脚本在TV版时已完成,在这个时点之中,SEELE要求把NERV破坏的剧情应该出现了.
4.企划书中的「第一始祖民族」变成「第一先住民族」.根据这个变更,我们可知制造使徒的不是人类的祖先,人类是由别的生命体演化而来.再来,使徒是古代遗物的设定并无明确的表示出来,古代遗迹Aruka也取消了.
5.将4号机因爆炸事故而损失的事和12使徒将美国的6号机蒸发的事合成一个,变成4号机在S2机关的实验中被迪拉克之海揉成一团.
6.在这个阶段,增加了明确表示ADAM计画的开始时期的台词.
脚本版21话源堂「从今天开始要推动一个新计画.已经由基尔议长提倡了.有别於E计画,要推动真实的ADAM的再生.」
冬月「是ADAM计画啊.」
7.在企划书中EVA赢不了从月球来的12使徒,在脚本版之中则是成功的打倒了所有使徒

本人表示有的地方看不懂，但还是发了，希望有人能看懂