1XX年前
殖民星「欧拉西亚」的落下
因为西格玛的指示，思考型机械人佣兵戴拿蒙将旧型的殖民星「欧拉西亚」落下地上。人类政府再次认识非正规机械人的危険性，并将根绝非正规机械人作为目标揭出。把成为污染区域的坠落地点称呼为Area Zero，以后100年间，成为立入禁止分区。
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1XX年前
恶梦事件
作为∑病毒亚种而备受注目的恶梦病毒在世界中蔓延的「恶梦事件」发生了。根源判明为身为∑病毒带菌者的杰洛，作为猎人而在世界各地活动之际，传染到了周围。接受此事的人类政府决定将杰洛封印，但实际上是经∑病毒研究领域的科学家们之手，将思考程序和身体作为分别的研究対象而分开了。
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1XX年前
母亲妖精诞生
当时的思考型机械人研究者（雪儿博士的曾祖母），解析杰洛的思考程序，开发出∑病毒抗体。完成了重写/消去∑病毒的程序生命体，母亲妖精。以后，∑病毒研究领域的科学家开始了成为中心的电子妖精研究。
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1XX年前
从非正规机械人战争到妖精战争
将由于艾克斯行使母亲妖精，使非正规机械人激减的这个时期，定义成非正规机械人战争停战的历史家也很多。实际上是熬不住战火，然后变成针对非正规机械人战争后期称为妖精战争。
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1XX年前
提倡厄尔毕斯计划
人类的电子妖精研究科学家的一部份，使用母亲妖精的程序重写能力，提倡思考型机械人完全支配活动「厄尔毕斯计划」。虽然艾克斯反对，但由于长久持续的戦争的恐怖，开始出现支持思考型机械人完全管理的人。
以艾克斯作为先驱的「共存派」，和把人类政府当成中心的「支配派」的对立开始了。
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CHARACTER部份
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「传说的苍色救世主」
艾克斯
作为「无限可能性」「正确行动者」的象徴而曾经统治Neo Arcadia的传说的蓝色思考型机械人。一边烦恼为着和平而破坏身为同类的思考型机械人，一边持续作战着「非正规机械人战争」，令杰洛睡眠的恶梦事件后，那也没有改变。非正规机械人战争末期（后来叫做妖精战争），艾克斯，和得到复制身体的杰洛合力，将黑暗妖精捕获，对病毒对策完整后使封印到自己的身体去。把黑暗妖精封印之际，那股冲撃令艾克斯的灵魂从身体中弹出，分裂成5个电子妖精。其中，４个编成Neo Arcadia四天王，１个在世界彷徨着。
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雪儿
「对我来说，你已经是杰洛了哟」
于Neo Arcadia做着思考型机械人研究的人类少女。造出代替消去了身姿的艾克斯的复制艾克斯，对因能源不足而处分思考型机械人感到疑问，离开Neo Arcadia。其后组织反抗军并守护思考型机械人，每天亦专念于开发新能源以解除斗争的根源。雪儿使用着的眼罩，是以前在Neo Arcadia研究电子妖精时使用的东西，使身为人类却能看见、触摸电子妖精。
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杰洛
「只是眼前出现敌人・・・，只好挥打斩杀。」
过去活跃于非正规机械人战争，而被称为英雄的传说的红色思考型机械人。由于被雪儿发现而从100年的睡眠当中苏醒。因为长年睡眠而机能停止，所以苏醒时丧失了记忆、能力的觉醒就那样需要时间了。打碎了妖精战争末期令世界陷于恐怖的奥米加，和操纵它的拜阶的野望，那股因縁成为了新的战争火种。
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电子妖精
对人类来说未知的电脑生命体。通常，指思考型机械人的意志、意识、人格等的事也很多。经各式各样的科学家之手，现也继续着关于思考型机械人思考的研究，被广泛地认知成不是程序本身，而是关系到「非生命体者的意志」。电子妖精是不可见的，但思考型机械人似乎能看见（感觉到）。作用于思考型机械人思考程序的未知电脑病毒「∑病毒」研究领域中，判明了病毒是作用于「意志」，那股「意志」被叫成电子妖精，另外能推动那股意志的存在（包括∑病毒），也被称呼为电子妖精。研究成果正达到以电子妖精强化思考型机械人的等级。
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Neo Arcadia
妖精战争当事者，艾克斯结成了为了保护人类的组织「Neo Arcadia」。因为艾克斯自已作为英雄君临，所以不使用黑暗妖精也成功以「人望」统管思考型机械人。于妖精战争幸存的人类，是生活于“生活用大型圆球形天花中”的状况，人类的生活圈只能在那圆球形天花里。现在Neo Arcadia是政府的名称，也有针对生活用圆球形天花，一般地称为Neo Arcadia的事。人类有代议员，和思考型机械人协商，进行着Neo Arcadia的政策。