维吾尔族 维吾尔族在明朝称畏吾尔，亦作畏兀儿，是居住在新疆地区的主要民族。明代，除撒里畏吾儿仍从事游牧外，其他居住在于阗(今于田)、喀什噶尔(今喀什)、哈密、土鲁番(今吐鲁番)等地的畏吾儿人都以农业为主，兼营商业，其手工业也很发达。其耕地和牧场大部分掌握在封建主(蒙古族或畏吾儿族)的手中，一般农户则少地或无地，遭受封建主苛重的剥削。元末明初，畏吾儿族地区地大者称国，小者只称地面，形成封建割据的形势。洪武、永乐、宣德间，与内地恢复关系的小国和地面，前后共有七八十个之多。明朝政府从太祖时起先后在甘肃西部到新疆东部地区设立赤斤蒙古、哈密、沙州、安定、曲先、阿端、罕东、罕东左等八卫，卫设指挥，一度还在柳城、火州(均在今新疆吐鲁番东南)等地设都指挥等官。明朝与哈密卫的关系最为密切。永乐二年明政府曾封哈密王安克帖木儿为忠顺王。景泰时，土鲁番势力强大，攻占哈密城，兵锋及于嘉峪关内的甘肃(今甘肃张掖)、肃州(今甘肃酒泉)等地。从此明朝对西域的控制日益松弛，不得不在嘉靖八年放弃哈密。
苗、瑶、彝、壮各族 居住在云贵、四川、两广、湖广等地的少数民族有苗、瑶、彝、僮(即壮)、黎、傣等族。各族之间以及同一个民族不同地区间的社会经济发展还都很不平衡。有的农业已有显著发展，并普遍使用犁耕。湖南一部分少数民族到明中期已蓄食甚富；云南一些民族在平坝种稻，一年两熟，产量也在增加。但住在高寒山区的某些部落，生产力还很低下，有些仍处刀耕火种阶段。从社会发展的阶段看，有些已由封建领主经济过渡到地主经济，或是地主经济已占统治地位；有的阶级分化不明显；有的则已有阶级分化，开始由原始公社制末期进入奴隶制，或已由奴隶制进入封建制。
明朝政府沿袭元朝的统治制度，在云贵、两广地区设置土司，通过各族的首领统治各族人民。但各地的土司与明朝也有矛盾，经常发动叛乱。明朝政府在平定叛乱后，往往把这些地区的土司裁撤，改设流官，即改土归流。改土归流的目的是建立对少数民族地区的直接统治，但是在客观上打破了农奴制度，促进了少数民族地区地主经济的发展，同时也加强了中央与地方的联系，对维护国家的统一有进步意义。
明朝统治时期，云贵各地经常爆发各族人民的起义。著名者有英宗正统十四年苗族农民的邛水十五洞司(今贵州三穗)起义、英宗正统七年至世宗嘉靖十八年的广西桂平大藤峡起义。明朝有很多汉族人民陆续迁至云贵、两广等地，他们不仅与当地少数民族人民一起进行抗官斗争，还把先进的铁工具和农业、手工业生产技术带到了苗、瑶等族聚居的地区，并从事耕作、开矿、采茶、兴修水利，对这些地区的开发起了积极作用。

高山族 高山族是中国台湾的土著居民，长期以来就劳动、生息、繁衍在这块土地上，16世纪，高山族已有发达的农业，甘蔗和棉花的种植也逐渐兴盛起来。在农业方面可能已用铁锄耕作，狩猎则已普遍使用铁工具。狩猎剩余产品已用于交换。高山族社会的基层组织是部落，若干部落结合成社。一社或千人，或五六百人，已有贫富差别和阶级分化。随着东南地区商品经济的迅速发展，越来越多的汉族人民渡海到台湾。濒海之民每年都有数十百艘渔船在澎湖和北港之间打鱼，又有很多人到台湾与高山族进行贸易，或在山口设店，或径自入山，以玛瑙瓷器等换取鹿皮、鹿角，受到高山族的热情接待。
万历、天启间，颜思齐、郑芝龙等在台湾建立政权。他们称君主，有官职，有武装，与高山族保持和睦友好关系。郑芝龙在台湾练兵积粮，又在厦门、金门竖旗招兵，参加者都是贫苦的饥民，他们出没海上，走私贸易，也登陆与明军作战，他们还头裹红巾，号“郑家军”，军纪甚严，禁止掠捕妇女、放火杀人、强割稻谷等。荷兰殖民者侵入台湾后，郑芝龙于崇祯元年接受明朝的招抚，并在崇祯三年和十二年率领郑家军，以巧妙的海战击败荷兰殖民者。使荷兰“不敢窥内地者数年”。