当晚，在一片灯火辉煌之中，挖掘工作正式展开。
在盖西供认的埋尸地点，警方仅花费数分钟就找到了第一具尸体。接下来是第二具、第三具……警方据此情况临时决定：将盖西家宅挖地三尺，彻底清理。
由于有很多具尸体被发现时已经高度腐烂，随后的挖掘进度不得不放缓，以求最大限度地保护被害人尸体的完整性。于是，罪案清理现场如同考古现场一般，参与挖掘工作的警员人人谨小慎微。
1978年12月22日，当警方把在案发现场拍摄的，厚厚一叠被害人尸体残骸的照片摔在了盖西面前时，这个魔鬼终于崩溃了。他供认在过去六年间至少杀死了30人，并把他们先后埋在了房屋下面的泥土里。他的作案手法是，先诱使被害人戴上手铐，然后对他们进行肆无忌惮的性侵犯；为防止被害人在受虐过程中大声喊叫，盖西通常会把被害人的内裤和袜子之类的小件衣物塞入被害人口中。随着时间的推移，越来越多的尸体“浮出水面”。有的受害者被挖掘出来时，口中仍被塞着自己的内裤……
截止同年12月28日，美国芝加哥警方共在盖西家中挖掘出27具尸体。此外，在距离盖西家不远处的布莱恩河岸附近，先后又发现了两具青年男子的尸体。
以盖西家宅为中心展开的大规模挖掘工作，一直持续到次年一月末。盖西的房子如果一具被掏空的尸体，无论远观，抑或是近瞧，都十分骇人。由于再没找到更多的尸体，警方决定停止挖掘搜寻工作——改由挖掘机、推土机上！拆卸工人在作业中，又惊恐万状地找到一具被包裹在混凝土中的尸体！随后，又发现了第二具，第三具。
很快，伴随着推土机的轰鸣声，盖西的房屋灰飞烟灭，被夷为一片平地。
而最后的被害人，罗伯特·皮斯特的尸体，直到1979年8月才被人在伊利诺斯河内找到。
在所有的33具尸体中，有9具至今无法辨认其身份；他们的遗体在1981年6月被集体安葬。
调查工作结束后，对盖西的审判即拉开序幕。I