另外，新兵过多还带来了统率的问题：“新补士兵未受训练即加入火线，官兵多不认识，一遇敌机敌炮，相率复溃，致无法统御，实为固守南京之计划重大打击。”尽管如此，能够补充新兵之部队已属难得，更多的部队是屡经战阵却未得一兵一卒之补充。粗略统计，十余万守城士兵中，至少三万以上是新兵
守城部队之战前准备，同样存在诸多问题
因系仓促应战，且多数部队是从外地临时调来，遂造成了各方面战争准备明显不足：
首先，对地形和敌情不了解。“各部到达南京为时过迟，对于地形之认识、工事之赶筑，皆迫不及待。官兵体力精神俱感疲弊〔惫〕，故对于敌情搜索，殊欠周密。而旺盛企图心及机动力更为缺乏。”

其次，兵力与工事不相称。南京城内外有很多防护永久工事，这些“工事虽早经构筑，但正面过广，与兵力不相称，临时土工兴筑不多，新兵又不知利用，处处呈遭遭状态，以致不能演成阵地战。”
再者，各部队之间缺乏协同作战能力。因为临时拼凑的部队原本分属不同的派系和地域，相互之间“缺乏互信观念，无独立作战精神，往往道听或悬揣友军情况之不利而自乱其作战步骤”。

最主要的是，国民政府仓促“迁都”重庆带走大量交通工具，使得军需物资的运输出现了困难。1937年11月20日，鉴于日军已经兵临城下，国民政府决定放弃南京，正式迁都重庆。然而西迁过程中需要运送大量政府档案文件和相关物资及公务人员，为保证各政府部门的安全迁移，国民政府征集了600辆汽车和220余只民船，“国府西迁后，各项交通器材随之俱行。”尽管11月26日马超俊市长曾专电交通部，希望“西迁各船抵达后，即续回迁送难民。”但直到南京沦陷前，这些船只无一返回。因此，且不说南京城内的普通市民很少能有比较便利的交通工具逃离南京，即便军队所需枪支弹药运送都出现了困难：“国府西迁后，各项交通器材随之俱行，各军经上海撤退损失，亦所存无多。致弹药之补给、伤兵之救护，与夫抢堵城垣缺日材料之运输，俱极缓慢，一被突破，即有牵动全线之虞。”
包括蒋介石在内，国军高级将领几乎无一人认为南京能够守得住

因存在上述诸多问题，国军高级将领中几乎无一人认为南京能守得住。据宋希濂回忆说：“蒋介石于十七、十八两日曾三次邀集何应钦、白崇禧、唐生智、徐永昌、王俊、刘斐、谷正伦等人开会。”除了唐生智之外，所有人都反对固守南京，他们的理由是：“第一，上海保卫战以后，应把持久战、消耗战略作为原则，不应争一个城市的得失，为了恢复在上海保卫战中丧失的中国军队的战斗力，有必要经过相当长的时期在后方补充训练军队；第二，就地形而言，南京也是难守易攻的城市，依靠在上海保卫战中被打败而损失了战斗力的军队断不能守住。”因此，他们建议“只用少数兵力——最多六个团到十二个团——作象征性的守，并曾拟议为四川刘湘部的两个师担任。

因存在上述诸多问题，国军高级将领中几乎无一人认为南京能守得住。据宋希濂回忆说：“蒋介石于十七、十八两日曾三次邀集何应钦、白崇禧、唐生智、徐永昌、王俊、刘斐、谷正伦等人开会。”除了唐生智之外，所有人都反对固守南京，他们的理由是：“第一，上海保卫战以后，应把持久战、消耗战略作为原则，不应争一个城市的得失，为了恢复在上海保卫战中丧失的中国军队的战斗力，有必要经过相当长的时期在后方补充训练军队；第二，就地形而言，南京也是难守易攻的城市，依靠在上海保卫战中被打败而损失了战斗力的军队断不能守住。”因此，他们建议“只用少数兵力——最多六个团到十二个团——作象征性的守，并曾拟议为四川刘湘部的两个师担任。