之前文章里写到这次进入黑客帝国的任务有可能是需要主角辨别真假世界，脱离虚拟世界回到现实世界，也有可能是救世或灭世。即帮助母体世界消灭病毒修补BUG并帮助整个系统升级，或是帮助史密斯（升级版病毒）逐渐摧毁整个系统。
根据原电影剧情，锡安世界是假的可能性很大，应该是系统源代码编写出来的一个虚拟世界，目的是吸收母体世界一些不安分的漏洞BUG，即1%对母体世界产生怀疑的人。系统的源代码会编写出一个程序即救世主（这一次是尼奥）接着救世主会率领锡安。最后救世主会在先知的领导下去见创造者即专门给整个系统打补丁的一个程序，他的存在是为了维持系统的稳定。（第91章结尾出现的跟先知对话的老头）创造者会给救世主2个选择.摧毁矩阵，大家一起玩完，或者毁灭锡安，矩阵中的人类得以保存，并且可以再选择一部分人去重建锡安。锡安的存在就是为了聚集BUG并清除掉以维持整个系统的稳定。而先知恰恰相反，她希望打破这种平衡在未知的混乱中获取源泉，从而完成整个系统的升级。
母体世界，和锡安世界都是虚拟的，但是我认为他们又都是真实世界。原电影中史密斯反复在讲，任何事有始就有终，人类文明已经终结了，现在是机器文明，而它正在进行着进化。意思是说人类的文明已经没有了，现在主宰这个世界的是机器，针对机器来讲，这一切又都是真实的。
整个故事情节是在围绕系统的源代码编写出两种截然相反的程序，史密斯与尼奥，他们按部就班的做着他们该做的事情最终为系统升级。最后主角应该辨别出这一切所有都是假的，但在某一方面来说，全部都是真实的，并且帮助升级系统，才得以回到真实世界