一、反对空幻虚无、谈空说玄。
东林学派以东林书院为阵地，通过讲学、论辩、研讨、撰文、出书，对王阳明“心学”及王学末流在道德修养和认识论方面宣扬的种种虚、空、玄的主张和说教进行猛烈的抨击和批判，从而推动了实学思潮的高涨。
二、提倡求真务实、实学实用。
尽管东林书院和我国古代其他书院一样，讲学和学术研究的主要内容也是儒家经史著述，但其不论在内容上、形式上和方法上都针对性、实用性较强，强调从实际出发，注重讲实学，办实事，有实用，求实益。这一点 在东林书院的组织管理、规章制度、讲学和学术研究的内容、方法，以及关于东林讲学活动情况和顾宪成、高攀龙等东林领袖生平言行的记载中，都有比较清楚的反映。诸如：《东林书院会约仪式》第一条强调，会讲属业余自愿性质，所以参加会讲的通知不必要求每个人都来参加。第三条规定，举行会讲时，主持会讲的会主由大小会公推产生，根据实际需要，由不同学者担任；第四 条规定，每次会讲推举一人讲《大学》、《论语》、《中庸》、《孟子》即“四书”中的一段内容，然后大家“有问则问，有商量则商量”。第十一条强调要尽量简化来与会的学人之间的交拜手续，不搞繁琐的礼节和形式主义。