细菌本身的呈色用肉眼无从辨识，必须藉由菌液的呈色来判断，菌液可能既是细菌的担体又兼培养物。当细菌在菌液中被富集培养时，就能表现出集体的颜色，不过其前提是，菌液本身必须是透明无色者，就像水一般，如此一来，细菌本身的呈色才不会被遮盖而发生误判现象。

必须注意的是，在硝化细菌的培养液中，因可能含有酸碱指示剂的成分而有呈色现象，不过在制成商品之前，通常都会先分出硝化细之后，再分散于无色的液态担体中，所以制剂应该是无色者，否则可能略有呈色迹象。另外，有些商品可能因特殊之目的（如仿造、增加卖相），故意将菌液染色，这可能会导致此种判断方法失去准头。

菌液味道辨识法
光合细菌主要为厌气性种类，也有一些属于兼气性品种，它们的都可以在「有光无氧」的环境下被培养。其中又分自营性种类，及异营性种类，所以不见得所有的光合细菌都适合应用于水族缸作为净水制剂。
已知在水族缸的好气环境中，只有兼气异营性的光合细菌（如红螺菌科菌种）最适合作为净水制剂。它的培养物通常是一些有机营养液，而且培养完成之后，可以直接填充瓶封为商品。此种商品一旦开封之后，可以立即闻到一股恶臭，如果再加上显色辨识，应该很容易确认。
反观硝化细菌均为好气自营性种类，在它的菌液中，通常不能含有任何易分解的有机成分，否则不仅会立即遭致异营性细菌的污染，连瓶封环境中的有限氧气，很快就会被耗尽，使得硝化细菌因缺乏氧气而无法长久生存其中。因此，凡是硝化细菌制剂，应该是没有明显的臭味的。

光合硝化细菌制剂的迷失
光合硝化细菌菌制＝【光合细菌＋硝化细菌】的混合制剂？这种产品既然命名为「光合硝化细菌」，难道真有这种细菌存在？非也，这应该只是商品名称吧！可能指这种产品同时具有光合细菌及硝化细菌的双重作用的效果。不过在网络上有许多人认为，它真是一种光合细菌与硝化细菌的混合制剂。
光合细菌与硝化细菌在生态上是二种完全独立，而且互不隶属的细菌，它们不仅能源获得不同，连营养生长及呼吸代谢也有所差异，实在很难想象这二类细菌可以制成混合制剂，因此我们宁愿相信它只是商品名称而已，而不必去过度滤揣测，它是否为光合细菌与硝化细菌的混合制剂。
许多光合细菌（主要是自营性）对氮源的利用较广，一般可利用铵盐、氨氮，甚至氮气，少数还能利用硝酸盐和尿素。因此在功能上多少也具有类似硝化细菌的除氨作用，也许因为如此，聪明的厂商才把单纯的光合细菌制剂以「光合硝化细菌」命名之，藉以增加销路。不过相较于硝化细菌，这种产品的除氨效果不会较强，应该可以被理解的，盖氨为硝化细菌的维生的能源（耗量多），而非像光合细菌只是营养成分而已（耗量少）。

结论
优良的水质是成功养殖的先决条件，而健全的微生物净水系统又是确保优良的水质的基础，所以对于如何建立有益微生物净水系统，已经成为我们必须去努力追求的目标。在这个创建的过程中，凡能选用优良的微生物制剂，以协助既有的微生物净水系统能发挥更强大的功能，将水中有害物质彻除。

硝化细菌