首先是游戏：
据我所知柯南游戏中只有《柯南与金田一》中柯南身份被怀疑过。剧情不说了。诸位自己去玩玩。
原因：柯南扮成通讯对象和金田一联络，金田一又被告知工藤新一和兰是熟人 ，于是金田一推理出通讯对象，也险些在兰的面前说出他怀疑的柯南的身份，被七濑美雪的拍照的邀请成功打断（七濑美雪泥垢了。。。不可以这样的）。概括一下，柯南的埋不住的推理能力险些导致他身份暴露。
然后是电影版：
1.M3《世纪末的魔术师》，片尾柯南险些被小兰的眼泪攻势逼出身份，以及被怪盗基德识破身份。
原因：小兰的等待是柯南最不希望看到的。因此小兰的眼泪差点成功逼出柯南的肯定答复。而怪盗基德扮成新一前来救柯南的场，因其扮成白鸟发现柯南被阿笠博士叫新一。概括：兰的等待是柯南所难以承受的，同时柯南太不注意了。。。
2.M6《贝克街的亡灵》，被Noah*s Ark发现身份，因为Noah*s Ark扫描了柯南的身体资料与记忆。判断出柯南就是工藤新一。
原因：柯南怎么变，都只是工藤新一的7岁时的模样，变不了其他的身份，骗得了一时，骗不了一世。
3.M10《侦探们的镇魂歌》，因为指纹而被毛利的委托人发现柯南的身份，可惜委托人失去视力，只知道新一来了而并不知道柯南这个被缩小后的人物。
原因：柯南栽在了指纹上。柯南，我说你这点都不知道？
4.M13《漆黑的追踪者》，又一次被Irish采集到指纹比对，确实的发现柯南就是新一。
原因：又是指纹。泥垢了，柯南。。。
然后是电视：
分人而论，一集集写不完，人太多，有所疏漏在所难免，希望在楼中楼予以补充：
1.毛利家：
毛利兰：TV7,96,400等都对柯南身份有直觉和行动上的怀疑。（柯南的推理能力实在太强）
毛利小五郎：只是内心嘀咕，但相信已经猜出柯南身份（关于此有讨论，参见我的上一个帖子 http://tieba.baidu.com/p/3253789835关于毛利的专题讨论）
2.警察界：高木有明显的怀疑，并且曾问柯南身份，柯南并以肯定回答回复有另一个身份。同时红与黑的碰 撞结尾柯南的手机被高木收起，相信正在调查指纹，并可能是以后重要的伏笔。
3.FBI：赤井秀一（作为冲矢昴，冲矢昴和赤井秀一同一人已在绯色系列中交代）已明确获知（注意到了柯 南的蝴蝶结变声器，自己也使用了阿笠博士的项圈型变声器）。其余人并没有明显怀疑。
4.黑衣组织：苦艾酒已确凿无疑的获知。波本怀疑已经猜到。其余的人并没有明显反应。
5.日本公安：波本是被派进组织的卧底，不再赘述。
6.CIA：没有明显反应。
7.关西方面：服部平次已经确知。其余并没有证据说明怀疑。但是服部平藏有一定可能。
8.宫野家：
宫野明美：属死前获知，已无意义。
宫野志保：即灰原哀，确知。
9.鲁邦一族：
确知。峰不二子并知道灰原哀身份。基斯对柯南身份抱有怀疑。
暂时想的起的就是这些，希望各位多多补充，并会定时修订。
据我所知柯南游戏中只有《柯南与金田一》中柯南身份被怀疑过。剧情不说了。诸位自己去玩玩。
原因：柯南扮成通讯对象和金田一联络，金田一又被告知工藤新一和兰是熟人 ，于是金田一推理出通讯对象，也险些在兰的面前说出他怀疑的柯南的身份，被七濑美雪的拍照的邀请成功打断（七濑美雪泥垢了。。。不可以这样的）。概括一下，柯南的埋不住的推理能力险些导致他身份暴露。
然后是电影版：
1.M3《世纪末的魔术师》，片尾柯南险些被小兰的眼泪攻势逼出身份，以及被怪盗基德识破身份。
原因：小兰的等待是柯南最不希望看到的。因此小兰的眼泪差点成功逼出柯南的肯定答复。而怪盗基德扮成新一前来救柯南的场，因其扮成白鸟发现柯南被阿笠博士叫新一。概括：兰的等待是柯南所难以承受的，同时柯南太不注意了。。。
2.M6《贝克街的亡灵》，被Noah*s Ark发现身份，因为Noah*s Ark扫描了柯南的身体资料与记忆。判断出柯南就是工藤新一。
原因：柯南怎么变，都只是工藤新一的7岁时的模样，变不了其他的身份，骗得了一时，骗不了一世。
3.M10《侦探们的镇魂歌》，因为指纹而被毛利的委托人发现柯南的身份，可惜委托人失去视力，只知道新一来了而并不知道柯南这个被缩小后的人物。
原因：柯南栽在了指纹上。柯南，我说你这点都不知道？
4.M13《漆黑的追踪者》，又一次被Irish采集到指纹比对，确实的发现柯南就是新一。
原因：又是指纹。泥垢了，柯南。。。
然后是电视：
分人而论，一集集写不完，人太多，有所疏漏在所难免，希望在楼中楼予以补充：
1.毛利家：
毛利兰：TV7,96,400等都对柯南身份有直觉和行动上的怀疑。（柯南的推理能力实在太强）
毛利小五郎：只是内心嘀咕，但相信已经猜出柯南身份（关于此有讨论，参见我的上一个帖子 http://tieba.baidu.com/p/3253789835关于毛利的专题讨论）
2.警察界：高木有明显的怀疑，并且曾问柯南身份，柯南并以肯定回答回复有另一个身份。同时红与黑的碰 撞结尾柯南的手机被高木收起，相信正在调查指纹，并可能是以后重要的伏笔。
3.FBI：赤井秀一（作为冲矢昴，冲矢昴和赤井秀一同一人已在绯色系列中交代）已明确获知（注意到了柯 南的蝴蝶结变声器，自己也使用了阿笠博士的项圈型变声器）。其余人并没有明显怀疑。
4.黑衣组织：苦艾酒已确凿无疑的获知。波本怀疑已经猜到。其余的人并没有明显反应。
5.日本公安：波本是被派进组织的卧底，不再赘述。
6.CIA：没有明显反应。
7.关西方面：服部平次已经确知。其余并没有证据说明怀疑。但是服部平藏有一定可能。
8.宫野家：
宫野明美：属死前获知，已无意义。
宫野志保：即灰原哀，确知。
9.鲁邦一族：
确知。峰不二子并知道灰原哀身份。基斯对柯南身份抱有怀疑。
暂时想的起的就是这些，希望各位多多补充，并会定时修订。
