公元184年，拜东中郎将，持节，代卢植击张角于下曲阳，军败抵罪。其冬，北地先零羌及枹罕河关群盗反叛，遂共立湟中义从胡北宫伯玉、李文侯为将军，杀护羌校尉泠征。伯玉等乃劫致金城人边章、韩遂，使专任军政，共杀金城太守陈懿，攻烧州郡。
公元185年，卓为中郎将，与右扶风鲍鸿破边章、韩遂。
公元186年，拜卓前将军，与左将军皇甫嵩击王国，韩遂，马腾。
公元189年，征卓为少府，不肯就，驻兵河东，以观时变。
同年，卓得何进召，即时就道。迎少帝于北芒。
公元190年，废少帝而立陈留王。二月，徙天子都长安。焚烧洛阳宫室，悉发掘陵墓，取宝物。
公元192年，王允与吕布及仆射士孙瑞谋诛卓。