毛油由于未经精炼，可能存在残留农药、重金属污染等问题及含有有害物质。如毛棉油中含有棉酚，慢性棉酚中毒者常有发热、四肢无力、食欲下降，甚至丧失劳动能力；棉酚可抑制男性精子生成，导致男性不育；毛花生油、毛玉米油中含有黄曲霉素，这是一种强致癌物质，精炼油中的允许含量为每公斤食油中20微克，而未经精炼的花生油中可高达600微克；毛菜籽油中含大量的芥酸和硫甙类化合物，这些化合物对患有心血管疾病的人来说有可能使病情加重，也可能导致甲状腺肿大；毛米糠油、葵花籽油含有2%左右不易消化的蜡；豆油和菜油中则含1%~3%的磷脂，这些都需要经过精炼去除。
毛油的另一特点是烹饪加热时泡沫多、有异味、油烟大，明显影响烹饪食物的气味与口感。在城市居民中，直接食用毛油的人已很少，但在农村居民中则相当普遍，这将直接危害到他们的健康。