碧玺通常产在花岗伟晶岩及钠长石锂云母石英岩中，主要的共生矿物有水晶、绿柱石、锂辉石、托帕石、磷灰石等。伟晶岩，顾名思义，就是一种结晶颗粒非常粗大的岩晶岩体，基本上结晶颗粒都能用肉眼看见。伟晶岩是由地底岩浆库发生结晶作用末期残余的岩浆与气体溶液，非常缓慢地结晶而成。这些末期的岩浆含有大量的挥发物，例如锂、铷、锶、铯等与一些金属元素钨、钼、铋、锡、铅等。当岩浆慢慢冷却的时候，矿物就会慢慢发生分异作用，逐渐形成颗粒巨大的晶体。一般黑色电气石形成于较高温度，绿色、粉红色者一般形成于较低温度。早期形成的电气石为长柱状，晚期者为短柱状。

伟晶岩形成的早期阶段，经过温度的降低，石英、常事、云母等与一些稀有元素结晶出来。后期阶段在温度与艳丽逐渐降低下，这些气体会与先前的矿物发生交代作用，原生矿物将转变为蚀变矿物，例如电气石、黄龙玉、白云母、锂云母、绿柱石、萤石的等。许多有价值的宝石，例如祖母绿、金绿宝石、红宝石、电气石、托帕石都是在这种矿床里产生的。

碧玺在产生过程中，常会包裹一些其他矿物或产生一些生长痕迹，这些包裹的矿物或生长痕迹就被称为包裹体。碧玺内含有典型的不规则线状、管庄包体和扁平的平行的薄层空穴，包体内可能被气液所填充，还可能有少量铁质充填，部分碧玺内可见大量平行纤维，可以出现猫眼效应。