六字诀最早见于道教《神仙食呬金柜妙录》及《明医论》，梁道士陶弘景在《养性延命录》中祥述其术，陶弘景之后，历代都有关于六字诀的方法理论及应用上有不少发展与补充，隋代佛教天台宗高僧智在其《童蒙止观》中将六字诀用于佛学坐禅止观法门，唐代著名医学家孙思邈在《备急千金要方》中对陶氏六字诀的吐纳法进行了发挥，唐代道教学者胡愔在其《黄庭内景五脏六腑补泄图》中，改变了六字与五脏的配合方式，宋代邹朴庵的《太上玉轴六字气诀》对六字诀理论与方法的论述是历史上最详细的，对呼吸和读音方法作了具体要求。
《遵生八笺校注》中记载：“春嘘明目木扶肝，夏至呵心火自闲，秋定收金肺润，肾吹惟要坎中安，三焦嘻却除烦热，四季常呼脾化餐，切忌出声闻口耳，其功尤胜保神丹。”将六字诀与四季的升浮沉降和养生都结合起来了。
除了历史的儒佛道对六字诀的研究，现代有马礼堂（1903——1989）、台湾南怀瑾和辽宁蓬蒿人等人都有研究“气功六字诀”的专题文章。