无尘车间最重要的是不让灰尘进入无尘车间内，不让灰尘产生、不让灰尘残留为原则。在无尘车间的维护管理上，应当注意以下几点：
1.人或货物在进入无尘车间前必须遵守无尘车间的管理原则，避免把不必要的物品带入工作区域，要经过风淋室吹淋，达到洁净效果，方可进入。因此，人员在区域内走动会产生污染物及灰尘，必须定期清洗区域内的每一个角落，检查机械设备的性能，保证工作效率和产品的质量安全。
2.对于不同的管理对象，其基本原则及管理内容也不相同。无尘车间的洁净度应定期检测，一般规定为3~6月检测一次，(有条件的客户，自己有仪器的一周检测一次即可)。
3.从维护管理方面看，过滤器随着捕集灰尘的增加，系统阻力随着增加，过滤效率也会降低;这时室内正压和洁净度就难以保证。保持高效过滤器的效率(定期更换过滤器)、防止灰尘二次飞扬、维持车间正压。
4.员工进入车间行走时，速度不要走得太快，行走速度快了，会造成地面灰尘的二次飞扬，对车间洁净度有很大影响。一旦无尘车间的正压值降低，相邻的房间正压值就会大于无尘车间，这时灰尘会大量进入，影响洁净度。