本帖用于记录本人刷paper时候看到的北京大学在高水平学术期刊（如Nature、Science、Cell、PNAS）以及一些化学、材料类期刊（JACS、Angew、AM、AFM）上发表的文章，或者与北京大学相关的文章。
需要说明的是
1. 高的影响因子并不意味着期刊水平较高（参见Schekman去年发表的一些言论），更不意味着工作水平高。
2. 有很多优秀的文章并没有发表在这些期刊上。
3. 文章的选择受到楼主个人方向和个人水平的限制，欢迎指正。
4. 评论请在楼中楼，开新楼可能会被删除。
5. 你看到的高水平文章欢迎贴上来，作为新楼即可。

The Lancet, Volume 383, Issue 9933, Page 1961, 7 June 2014
doi:10.1016/S0140-6736(14)60942-9
著名医学期刊Lancet（柳叶刀）昨日发表文章，报道了北京大学糖尿病中心主任、北京大学人民医院内分泌与代谢科主任Linong Ji。

此楼主我也算相识，很久以前就在化学吧上关注了，几年了。

dx.doi.org/10.1021/sb300027y
ACS Synth. Biol. 2012, 1, 284−29
贴个老文章，因为这篇文章有点故事。我和这篇文章的通讯作者还因此产生了一点小误会。注意本文的第一个作者单位是iGEM代表队。这里附上一篇2012年人人上的文章（作者略）：
2011年11月份的国际基因工程机器大赛（international Genetically Engineered Machine Competition, iGEM）中，北京大学iGEM团队进入世界总决赛前十六名并且获得金质奖章。该队项目经过半年的后续深入研究，部分成果（Automated design of genetic toggle switch with predetermined bistability）投稿美国化学家协会（American Chemical Society）《合成生物学》，目前已经被顺利接收，预计于今年6月份发表。
合成生物学的目的在于准确而快速地设计能够执行预期功能的生物网络。然而一直以来，人们始终无法设计出大尺度、高复杂度的基因线路（gene circuit）；这主要是因为，用于基因线路设计的功能模块（module）只能依赖传统的突变--筛选手段进行优化和调试，而无法借助计算工具来进行有效的辅助设计。
为了解决上述核心问题，北大iGEM团队以基因线路的经典功能模块--扳键式遗传开关（genetic toggle switch）为范例，将细菌中核糖体结合位点强度的热力学计算方法和扳键式遗传开关的随机过程模型整合到一起，并随之应用于扳键式遗传开关的双稳态性质预测，成功实现了扳键式遗传开关的程序自动化设计（in silico automated design）。利用此方法，我们既可以仅仅通过扳键式遗传开关的DNA序列就预测其双稳态性质，也可以针对任意想要的双稳态性质计算出与之相应的DNA序列；整个过程都由程序辅助完成，不需要传统的突变--筛选过程，而且高度可靠。
此项研究成果由北京大学来自生命科学学院，化学与分子工程学院和物理学院的本科生完成，文章第一单位为北京大学iGEM团队（现已改称为北京大学合成与系统生物学协会）。北京大学定量生物学中心提供学术指导，北京大学生物基础教学中心提供实验室，北京大学生命科学学院提供活动和仪器支持，北京大学教务部和国家自然科学基金提供经费支持。
国际基因工程机器大赛（iGEM）是国际上合成生物学领域的顶级大学生科技赛事。该竞赛由美国麻省理工学院于2003 年创办，2005年发展成为国际赛事，竞赛规模不断壮大，2011年共有各大洲共164支队伍参加。北京大学iGEM代表队是中国最早成立的iGEM代表队，也是第一批参加iGEM的中国队伍之一。
北京大学iGEM团队自成立五年以来，团队的主要目的是通过比赛加强本科生的独立科研能力培养和交叉学科训练，突破以往传统高等教育惯用的“教师主导、学生参与”的方式，采取学生自由选题、教师提供专业意见的“学生主导、教师把关”的新型模式。由于其学术性，独立性，开放性，北京大学iGEM团队对提高北大学生独立科研水平，提升北京大学的国际声望，以及提升中国在国际合成生物学界的科研地位，均起到了很大的促进作用。
2007年第一次参加iGEM大赛，北京大学iGEM团队就荣获the Only Grand Prize（总决赛冠军）以及the Best Information Processing Project单项奖的好成绩。课题部分成果于2010年3月在英国《自然》杂志子刊《分子系统生物学》上正式发表。2010年，北大iGEM团队又在iGEM比赛中获得the First Runner Up（总决赛亚军）以及the Best Environment Project单项奖，其项目Network Reverse Engineering Approach in Synthetic Biology经过1年后续研究，于2012年被德国《应用化学》接收。此次被接收文章为北大iGEM团队第三次在国际顶级期刊发表论文，北大iGEM团队2011年的其余研究项目仍然在跟进。
北京大学iGEM团队（现已改称北京大学合成与系统生物学协会）秉承开放式的运行模式，鼓励更多有热情有活力的本科生参与到合成生物学的一线研究中来。

In Vivo Metabolic Fingerprinting of Neutral Lipids with Hyperspectral Stimulated Raman Scattering Microscopy
J. Am. Chem. Soc., Article ASAP
DOI: 10.1021/ja504199s
Publication Date (Web): May 28, 2014
北大生物动态光成像中心主任谢晓亮（Xiangliang Sunney Xie）今天以哈佛化学与化学生物学系的单位在JACS上发表一篇文章。这个工作中，他与其他几个单位的科研人员一起展示了高光谱受激拉曼散射技术在活体成像中的应用，并以线虫为模式生物结合同位素标记手段研究了脂肪酸代谢过程。这一文章在技术手段和基础问题方面均有较大意义。

Heritable/conditional genome editing in C. elegans using a CRISPR-Cas9 feeding system
Cell Research
advance online publication: 30 May 2014
doi: 10.1038/cr.2014.73
北大新闻网的新闻写的不明觉厉，我来简单解释一下。CRISPR-Cas9是一种对生物体内DNA的编码信息进行修改的技术，通过这样的技术人们可以改变动物的基因，比如加上一段基因或者去除一段儿基因（的编码产物）。他们这个工作主要开发了一套简便的CRIPR-Cas9基因编辑方法，可以高效、可控的操纵模式动物线虫（C. elegan）的基因组。

Innate immune sensing of bacterial modifications of Rho GTPases by the Pyrin inflammasome
Nature (2014)
doi:10.1038/nature13449
Received 06 October 2013 Accepted 07 May 2014 Published online 11 June 2014
今天工学院生物医学工程系的席建忠老师合作发表了一篇Nature，这一研究主要是NIBS（北京生命科学研究所）邵峰团队完成的，席老师只是做了一些辅助性的工作。
引用北京生命科学研究所的新闻（http://www.nibs.ac.cn/index.php?act=view&id=4636）：
“艰难梭菌(Clostridium difficile)是抗生素应用诱导院内感染进而引起严重腹泻和伪膜性肠炎的最主要病原。近年来，由于抗生素大量使用院内感染艰难梭菌日益严重，美国、欧洲和中国均报道艰难梭菌感染已经达到住院人数的0.1-0.2%并造成约10%感染人群死亡。艰难梭菌致病主要依赖其分泌的两个功能类似的外毒素TcdA和TcdB。 TcdA/B具有糖基转移酶活性，特异性修饰和失活宿主细胞内的Rho家族小G蛋白。在这项研究中，邵峰实验室的研究人员首先发现TcdB进入巨噬细胞后可以强烈激活caspase-1和炎症小体通路，这种激活依赖于其对Rho蛋白的糖基化修饰。为了寻找能够感受TcdB活性的天然免疫感受蛋白，他们成功建立了非巨噬细胞炎症小体通路重组系统，从20多个可能的PRR蛋白中筛选出Pyrin蛋白。紧接着利用大量的细胞生物学和生物化学的实验, 他们在多种人源或鼠源的巨噬细胞验证了Pyrin蛋白确实能够感受TcdB对Rho蛋白的修饰进而通过炎症小体激活caspase-1。利用最新的基因组编辑技术(TALEN)，研究人员还制备了Pyrin敲除的小鼠，证实Pyrin对巨噬细胞响应TcdB和激活炎症小体必不可少。
修饰并失活Rho家族小G蛋白是诸多病原菌为控制宿主细胞骨架和抑制吞噬经常采用的机制，文献中已有多种修饰Rho蛋白的细菌毒素报道，它们通过不同的化学修饰抑制Rho蛋白功能。邵峰实验室的研究也发现另外三种已知的细菌毒力因子，包括来自副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的VopS和睡眠嗜组织菌(Histophilus somni)的IbpA以及肉毒杆菌(Clostridium botulinum)的C3毒素都可以通过修饰Rho蛋白激活Pyrin炎症小体。有趣的是，这些细菌毒素都修饰Rho蛋白上一个叫做switch I的区域，但采用的化学基团却完全不一样，说明Pyrin并不直接识别修饰基团本身，而是感受修饰导致的失活。另外，此前有文献报道洋葱伯克氏菌(Burkholderia cenocepacia)感染导致Rho蛋白的失活，但具体机理不明。邵峰实验室深入研究发现洋葱伯克氏菌感染和艰难梭菌的TcdB毒素类似，也能够诱导Pyrin炎症小体的激活。通过质谱学的方法，他们还首次发现洋葱伯克氏菌感染造成了Rho蛋白发生一个脱氨修饰（41位天冬酰胺转换为天冬氨酸)。进一步的巨噬细胞和小鼠呼吸道感染的实验表明Pyrin能够特异性地响应洋葱伯克氏菌的感染，激活小鼠肺部的免疫炎症反应，从而抑制细菌的增殖。
此前的研究表明Pyrin的遗传突变会造成一种叫做家族性地中海热的自炎症疾病，该项研究首次阐明了该疾病基因的正常生理功能，即作为胞内模式识别受体感受病原菌对宿主Rho蛋白的修饰，从而实现对相关致病细菌的特异性识别。另外，该研究成果对目前基于TcdA/B毒素的疫苗和中和性抗体的开发以及洋葱伯克氏菌在囊肿性纤维化病人中引起严重甚至致死性肺炎的机制也提供了重要启示作用。”

Irreversible Denaturation of Proteins through Aluminum-Induced Formation of Backbone Ring Structures
Angewandte Chemie International Edition
Volume 53, Issue 25, pages 6358–6363, June 16, 2014
DOI: 10.1002/anie.201307955
本文发表于4月份，刚刚被Angew选为封面。

Evidence for environmentally enhanced forest growth
Jingyun Fang et al, doi: 10.1073/pnas.1402333111
北京大学城市与环境学院方精云院士团队在今天的PNAS上发表了一篇关于森林碳汇测算的文章。摘要部分试译如下：
北半球中高纬度的森林是大气中二氧化碳重要的碳汇。人们认为碳汇过程主要包含以下两个途径：土地用途变化后的年龄相关生长和环境变化（如二氧化碳浓度升高、氮沉积和气候变化）引起的生长强化。然而，这两条途径的贡献却存在很大争议。这里，我们利用了一种特殊的来自六个日本国家森林调查的年龄组数据集的时间序列和本研究中开发的一种新的研究手段（即，研究每个年龄组在调查的时间段内的生物质密度变化）对环境变化引起的生长促进作用及其对日本森林生物质碳汇的贡献进行了量化研究。我们发现1980到2005年之间四个主要植被的生长强化为4.0～7.7 Mg C·ha−1，即为亩均生物质碳汇的8.4–21.6%，也即该国各森林种类生物质净增益的4.1–35.5%。不同森林种类、年龄组和地区的生长增益不同。我们的结果表明，据我们所知，是第一个关于气候变化增加大地理区域碳汇的基于土地的证据，并暗示树木的特性与年龄都能调控森林生长对气候变化的响应。在预测变化气候下的森林碳循环过程中，这些发现应该被考虑进去。

其实我早已弃坑了，或许可以接着续上？

China’s rise as a major contributor to science and technology
Yu Xie, doi: 10.1073/pnas.1407709111
北大社会学系的Chunni Zhang和密歇根大学安娜堡校区的学者合作在PNAS上发表文章，指出中国正在成为主要的科学技术输出国。全文不忍直视，生活在新闻联播中，最后不忘抨击一下体制。不要问我为什么我也很震惊咱们还是对社会学研究方法略表尊重吧……
在过去的30年间，中国已经变成了科学技术的主要贡献国。中国现在以较高的收入雇佣了大量且越来越多的科学家和工程师作为劳动力，且颁发的科学与工程学位在所有层次上都多于美国，特别是学士学位。中国的学术研发经费一路攀升中国的科研产出于2002年急剧上升，是的中国成为继美国之后的第二大科学论文发表国。中国科学家的研究水平也稳步提高。然而，中国在科学上的进步也面临着严重的困境，部分由于其僵化的、自上而下的管理体制，伴随着学术不端指控的逐渐增多。

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真的很赞！