微波杀菌设备是利用微波辐射能量对物料中的细菌进行杀菌。细菌主要由水和蛋白质组成，在10-60度是合适的生存温度。微波杀菌设备对含菌物料迅速加热到60度以上使细菌难以存活，利用微波的极性振荡原理使细菌破壁杀菌。在食品安全日益严格的今天，微波杀菌因为有热效应和非热效应两种机理，加之微波从内部加热较为彻底被广泛推广。卫生法中对食品药品的霉菌、大肠菌群、致病菌及菌落总数有严格的规定。其中要求霉菌和致病菌不得检出、大肠杆菌低于30、菌落总数低于30000。波能量针对食品及中药材在72-78度一段时间的照射后，一般细菌总数均能符合国家相关要求。但针对芽孢类细菌和低水分物料的杀菌还存在着局限性，这需要微波杀菌的微波均匀性高、低功率密度长时间照射才能成功、这也是衡量一个设备制造厂商技术实力的标准。