秦鹤，字长闲，四川承宣布政使司重庆府秦氏子。其父绩以诗“闻君与琴鹤”名之，后以“琴鹤亦长闲”而字。幼俊爽，博涉群书，尤明天文、历算、阴阳之学。其舅荣使鹤从名师学，生平务有用之学，尽绝诸嗜好。博访坐论，无间寝食。
顺元二十六年赴京，因其巧思绝人，授将仕郎，官政空暇，以相术为雅谈。
顺元三十年入钦天监，为五官监侯，佐五官正，推历法，定四时。
顺元三十五年，升五官保章正，掌观察星辰日月的变动，辨明测知天下的吉祸福。
昭煜元年，升钦天监五官灵台郎，掌观天象异变，书云物机祥，汇录册簿，密疏上闻。