《数码宝贝大师》以原作为中心最大限度提取了游戏因素构成游戏系统，具有与其他MMORPG不同的构成因素。游戏以进化树为中心支持动画中登场的大部分进化概念。游戏具有战斗系统、属性系统、卡片系统等等。PK战斗中最大限制排除了暴力场面，让游戏尽量以健康向上的性质发展。游戏中大致分2个世界 “现实世界”和“虚拟空间”。玩家可以带着自己的数码宝贝随意穿梭在两个不同的世界当中并与怪兽进行激烈战斗。