1549
天文十八年
大名岛津贵久会见耶稣会士方济各•沙勿略（[西]Francisco Javier [葡]Francisco Xavier，1506-1552），允许其传教。沙勿略遂在其登陆地鹿儿岛开展了日本国内最早的天主教传教活动。但未满一年便遭禁止。
1550
天文十九年
沙勿略应一葡萄牙船长要求，在弥次郎（やじろ；沙勿略呼之为‘Angero’，遂传记史家又称其‘Anger’、‘Anjiro’；教名：Paulo，パウロ•デ•サンタ•フェ）、多列（Cosme de Torres）神父和佛南田（Juan Fernandez）修士等的陪同下前往平户（平户遂成为日本最古老天主教会所在地）。
随后沙勿略一行为能获准自由传教上洛，希望能通过游说京都的后奈良天皇达到目的，未果。但在上洛途中逗留堺期间被先后引荐给了豪商日比屋了珪和小西隆佐（小西行长之父），为传教提供了相当的助益。
1551
天文二十年
沙勿略的游说之旅暂告一段落，回到山口，谒见了大名大内义隆，递交了驻果阿印度总督和主教的致信，奉上大量礼品，成功获得其传教许可。不久抵达丰后府内，得到当地大名大友义镇（即大友宗麟）的支持，遂使府内成为另一传教中心。
沙勿略于十一月离开日本。
陶晴隆叛乱，迫使大内义隆自刃于大宁寺。
1552
天文二十一年
耶稣会传教士迦果（Balthasar Gago）到达府内。

1555
弘治元年
葡萄牙商人路易斯•德•阿尔梅达（Luis de Almeida）投入私财，在丰后府内开设育儿院。
1557
弘治三年
于56年加入耶稣会的阿尔梅达建起了麻风病院、一般病院等各种西式医院。这些医疗设施在天主教信徒所组织的“慈悲之组（ミゼルコルディア）”运营下发挥着巨大作用，为日本带来了先进的欧洲外科医学。
1559
永禄二年
葡萄牙传教士维列拉（Gaspar Vilela）抵达京都。
1560
永禄三年
维列拉在妙觉寺得到将军足利义辉的接见，获得其“布教许可状”（一说此为59年间事）。不久后应日比屋了珪的招请，前往堺港传教。
1563
永禄六年
大村纯忠成为首位皈依天主教的大名，教名为Bartolomeu。
耶稣会传教士路易斯•弗洛伊斯（Luís Fróis，1532-1597）抵达日本。
结城山城守（忠正）与清原枝贤对天主教产生了兴趣，遂邀请当时身在堺地的维列拉前往奈良讲授教旨；此二人及同时在座的高山飞騨守（高山右近之父；教名：大虑，即ダリオ）与该传教士一番交谈后，都成为了天主教徒。
1564
永禄七年
高山右近受洗，教名为Don Justo（ドン＝ジュスト）。
1565
永禄八年
将军足利义辉被弑，维列拉、弗洛伊斯等神父失去庇护而被从京都驱逐。
1567
永禄十年
葡萄牙船进入口之津，口之津开港。
1569
永禄十二年
弗洛伊斯游说织田信长，并奉上各种珍品，换得了传教的许可。他日后完成了时间跨度在1549-93年之间的著作——《日本史》（Historia de Japam）。虽然该书旨在记载耶稣会的历次行动，但也提供了关于当时日本的很多情报。

1621
元和七年
审判于十一月末展开。多明我会士柯略多（Diego Collado）获得长崎的西班牙商人和日本天主教徒的协助，计划要救出被捕的传教士，但最终行动失败，计划败露，反而激怒了将军德川秀忠。
1622
元和八年
幕府判处平山常陈和两名传教士火刑，12名船员被全部斩首。此事件标志着幕府大规模镇压天主教势力的开始。
9月10日，“元和大殉教”发生。包括日本早期天主教徒代表人物赛巴斯蒂安•木村、耶稣会士意大利人卡洛斯•史宾诺拉（Carlos Spinola）、多明我会士西班牙人方济•莫拉略（Francisco de Morales）等多国籍、有影响的人士在内的21神职人员，及4名留宿教士者于长崎西坂的山丘上被处以火刑；其他信徒均被斩首于火刑柱前。
1623
元和九年
秀忠引退，德川家光继任为三代将军。
江户大殉教。包括原主水胤信（教名：Joannes）、耶稣会士安吉里斯（Girolamo De Angelis）、方济各会士盖尔维兹（Francis Galvez）在内的52人被押往“札ノ辻”的刑场；其中一人弃教，其余被烧死，殉教者总计51人。
1624
宽永元年
平戸大殉教38人被杀，东北大殉教109人被杀。
幕府禁止西班牙船只进入日本口岸。
1627
宽永四年
松仓重政为对付原有马领内笃信的天主教徒，首创了“云仙地狱”的拷问方式——将天主教徒倒悬在滚沸的热泉正上方，受高温硫磺毒气的熏蒸，并在其气绝之前将之拖上来，缓和呼吸后吊回原位继续折磨。内堀作右卫门（教名：Paulo）等16人成为首批牺牲者。他们在受尽折磨后被投进了“云仙地狱”温泉。
水野河内守守信捕获小西、有马、高山氏的天主教徒家臣，并将他们远流海外。
1629
宽永六年
一月十二日，甘糟右卫门等53名信徒于米泽殉教。米泽教会被摧毁。
水野守信首先于长崎一地实践以“踏绘”形式识别天主教徒的做法。所谓“踏绘”，即以圣形像置于官吏面前，强迫受检人群践踏，来审查对象信仰。开始所用圣形像乃来自查抄天主教徒家产所得，“踏绘”成为制度后便由官方出面制作带有圣画象的黄铜版供审查之用。
1631
宽永八年
长崎奉行竹中采女正重义借“云仙地狱”等方法拷问守信所制“天主教徒名册”上记载之人。

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