珊瑚玉形成过程是被沙土埋藏后，经过亿万年水分中所含硅酸盐不断凝结，填满石头中的空隙而成。此过程十分复杂，还需伴随地壳运动高温高压等环境。
因珊瑚石结构是碳酸钙，具有吸附性，所以矿物元素更容易在珊瑚结构部分凝结，并且珊瑚结构（碳酸钙）和珊瑚被沙土掩埋后的周边质地（沙土主要成分还是二氧化硅）吸收不同有色矿物元素的难易度不一样，从而花和底色之间会出现色差。
同时，大部分珊瑚玉形成过程都是先变为灰白色化石，再经由水分中的矿物历经几千万年甚至数亿年侵蚀而出现彩色。期间侵蚀的矿物元素会因为环境不同产生不同颜色，这部分是因为金属离子的显色随环境变化出现多样性，如一般常识中含铁的化学成分除了黑色还有棕红色，淡绿色（不懂请翻初高中化学教材）铜有黄色绿色蓝色，镍则是珠宝界颜色最多种多样的至色离子，百度随便查也有个二三十种。
大自然是美妙玄幻的，不同的环境造就不同的珊瑚玉，这是人工手段绝对无法实现的技术，因此每一颗珊瑚玉都有他千万数亿年的故事，一生一石，一石一故事