我是高中生侦探工藤新一，在和青梅竹马的同学毛利兰去游乐园玩时，目击了黑衣人进行可疑交易的现场。当时只顾着偷看交易情况的我，没注意到他的同伙从背后靠近，我被那个男人强行灌下毒药，等我醒来时——发现我的身体竟然变小了！如果他们知道工藤新一还活着，不但我的性命难保，还会危及到我身边的人。在阿笠博士的建议下，我隐瞒了真实身份。当兰问到我的名字时，情急之下我化名为江户川柯南。为了得到那些家伙的情报，我住进了父亲是侦探的小兰家。但是这位叔叔却是个糊涂侦探，看不下去的我变装成了叔叔，利用了我天生的推理能力解决了许多疑难案件。叔叔也拜我所赐成了名气越来越响的名侦探。而我现在，却变回了一个小学生，还被迫跟同班同学步美、元太、光彦组成了少年侦探团。身体变小了头脑却依然灵活，无所不知的名侦探。真相永远只有一个！