分子泵的结构有两种类型：一种是源于盖德的分子拖引型分子泵，另一种是涡轮分子泵。
　　从进气端看涡轮叶片，光学密闭的称为封闭式结构，不密闭的称为开式结构。一般来说，开式结构的抽速较大，但压缩比小；而封闭式结构的抽速较小，压缩比较大。

　　拖引型分子泵的原理是利用高速旋转物体对气体分子的拖引作用，在泵的出入口间产生一个压强差，而在被抽容器处建立较低的压强。由于这种泵工作在分子流的压强范围内，一般来说，都要求有一个前置真空泵。
　　立式涡轮分子泵具有结构更加简单、紧凑和振动小的特点。这种泵由涡轮叶片组件、马达和外壳组成。马达驱动装置安装在空心涡轮转子内并且完全处于泵的低真空部分，外接中频电源供电。马达转子直接安装在支承轴上，而轴本身固定在两个预加负荷径载止推球轴承上，它们都装在防震元件中，或者在主轴承外环加装橡胶阻尼环以使主轴运转平稳消振。轴垂直安装的突出优点是可以利用空心轴作为球轴承的供油泵。在轴的下端打一个锥孔并浸入油池中，旋转时空心轴的润滑油因离心力而被带到上轴承，然后因重力而流到下轴承。这种类型的油泵运行可靠，无需维护。
　　涡轮叶片型分子泵具有较大的抽速，但压缩比不如分子拖引型泵大。复合泵的高真空部分由涡轮分子泵构成，转子有四级叶轮，而定子是三级叶轮，外径200毫米。对氮的抽速为460升/秒；在抽速为零时，压缩比为150。低真空部分由多槽分子拖引型泵构成，直径138毫米，高度80毫米，对氮的抽速为46升/秒，压缩比为109。连同涡轮结构部分，整机的压缩比为1011。因此作者声称，这种泵可以顶着大气启动和工作。