（1）股交中心属于证券场外交易市场，而交易所市场属于场内市场，由主板、中小板（通常将主板和中小板合称为“主板”）、创业板构成。股交中心是比交易所市场较低层次的资本市场，与交易所市场通过转板机制建立起企业在不同层次市场之间的流动,构成我国的多层次资本市场。
（2）股交中心经上海市人民政府授权，对企业进入交易所市场进行培育、辅导和推荐，作为对接交易所市场的地方服务平台。在中心挂牌的企业在条件成熟的情况下，可以直接到主板或创业板上市。
（3）承担义务不同。交易所市场上市的公司，不但要履行严格的信息披露义务，还要接受监管部门、交易所、中介机构、投资者和市场各方的监督，对其规范运作提出很高的要求；而在场外交易市场挂牌的企业，其承担的义务相对来说要少。