口袋妖怪红、蓝、绿
小智（Red）
小茂 (Green)
小蓝 (Blue)
口袋妖怪黄
小黄 (Yellow)
口袋妖怪金、银、水晶
金 (Gold)
银 (Siver)
水晶 (Crystal)
口袋妖怪红宝石、蓝宝石
路比 (Ruby)
沙菲雅 (Sapphier)
口袋妖怪火红、叶绿
小智
小茂
小蓝
小黄
口袋妖怪绿宝石
艾美拉路多 (Emerald)
口袋妖怪珍珠、钻石
帕鲁 (Pearl)
迪亚 (Dalamond)
大小姐 (Ojyou) 暂，日本官方并未给出真实姓名

神奇宝贝SP反派
神奇宝贝红蓝绿版
火箭队(首领:板木老人)
神奇宝贝黄版
四大天王(首领:渡)
神奇宝贝金银水晶
火箭队残馀势力(首领:假面人/古柳老人)
神奇宝贝红蓝宝石
火岩队(首领:赤炎松)
水舰队首领:水梧桐)
神奇宝贝火红叶绿
新火箭队(首领:板木老人)
神奇宝贝绿宝石
盔甲人（水梧桐）

黄篇
成为联盟冠军的小智一天接到一封挑战书，于是他决定前去，于是此后就杳无音讯，只有遍体鳞伤的皮卡丘跑回了大木博士那里，这时一个自称叫小黄的孩子出现了，他说要去找小智，奇怪的是皮卡丘和他很亲近，于是大木博士委托他去找小智，一个新的冒险旅程就此展开！
途中小黄不断遭到四大天王的袭击，幸好有小茂小蓝和一些道馆首领及时出来相救，在大家的帮助下，拨开层层迷雾，小智失踪之迷终于揭开了，四大天王的目的是建立新的世界秩序！小黄与同伴们一同在深红岛（游戏，TV里没有这个地方）与四大天王展开激战！就在大家陷入苦战时，失踪的小智也终于出现了！

金银水晶篇
故事是在城都地区发生的空木博士的研究所发生了盗窃案，一只小锯鳄被一个男孩偷走，小偷和故事主角——金撞了个正着，两人随即开始战斗结果对方夺路而逃，从大木博士那里得知图鉴也被偷走了，为了追捕犯人，金开始了旅行，一路上金不断遇到一些离奇的事件，而这些事件的源头是一个戴着面具的神秘人物所为，这时那名少年又再度出现，原来他叫——银，幼年时被那个假面人拐走，他的目的只有一个——复仇，他告诉金那个人有一个大阴谋……
此时，大木博士为了完成研究，找来了捕捉神奇宝贝的高手——水晶，并将图鉴交给她，希望她能收集到所有精灵的资料，身负重任的水晶踏上了旅程。也许是命运的安排，水晶和金他们不期而遇，在小智一行的帮助下，3人齐心协力粉碎了假面人的阴谋，假面人的真正面目竟然是……
点评：故事的流程与金银篇游戏联系紧密，而且旧版的角色都会登场！最后决战更是只能用华丽来形容，金、银、水晶、小智、小茂、小黄、小蓝一同与假面人展开激战！相信现在还在玩金银水晶的朋友还有很多，一边玩，一边看漫画一定别有一番滋味哦

火红叶绿篇
这个故事的场景回到了一开始的关东地区，小智，小茂与小蓝正从枯叶市搭船前往七之岛，开始他们新的行程，但是，这时，一个神秘的神奇宝贝却悄悄的靠近了他们。。�

绿宝石篇
整个故事的时间发生在火红叶绿篇的几个月之后，在新建成的战斗边疆上，主人公——艾美拉路多误打误撞的破坏了开幕式，并接受了在7天内“征服”战斗边疆的挑战。看似平静的战斗边疆里，似乎有着巨大的阴谋在慢慢进行......

特别篇中的四天王
渡——四天王的主将，用的是龙系精灵，有快龙×1，哈克龙×2，化石翼龙×1，暴理龙×1
 使龙一族后人，龙系会馆馆主的堂哥，可以自由操控野生的龙系精灵，拥有常磐之力能为小精灵疗伤和读懂小精灵的想法，使出的破坏死光威力强大且没有副作用，在深红岛上，两只哈克龙和暴理龙组合，在日出是同时使用泡沫光线，红色，绿色，蓝色的三种泡沫光线因光线折射组成了干不见的泡沫光线。因看到心爱的龙系精灵被人类对自然的破坏而奄奄一息从而产生了对人类的怨恨，想消灭没用的训练师，借助路基亚的力量，创造一个小精灵的世界，后来经过深红岛一战还是放弃了自己的野心，归隐于漩涡列岛中，也算是小银的师傅。

科拿——四天王之一，使用冰系精灵。乘龙，迷唇姐，呆河马，铁甲贝，白海狮。
 强大的她能轻松将河面冰冻，她的化妆工具和可以进行通讯，她的迷唇姐可以制造出小冰人来将对手冰冻，曾用这招冰冻了小智于月见山中。因心爱的白海狮因人类破坏环境而生存遭到迫害，在菊子的鼓惑下，加入了四天王的行列，深红岛一战后有所醒悟，在故乡7岛上和小智他们一起对抗板木的三兽士。

菊子——四天王之一，使用鬼系精灵。耿鬼，阿柏怪，大嘴蝠，鬼斯通。
 和大木博士有着很深的渊源，王牌是耿鬼，她的阿柏怪与众不同，胸前的花纹能变化不同形态（共3种，进攻心态，防守心态，速度心态）来作战。鼓惑科拿加入，并操控同为四天王的志霸，深红岛一战后便被有了踪影。

志霸——四天王之一，和其他三个天王明显不同，使用格斗系小精灵。怪力，艾比郎，沙瓦郎，大岩蛇。
 善于格斗，精灵球和双节棍连在一起，沙瓦郎在志霸的训练下，脚和手可以无限伸长，他的怪力进化时因进化错误保留了豪力时带的腰带没有脱落，在和小智深红岛战斗时终于解开了封印。志霸手上戴的手环其实是菊子控制他的道具，他没有其它三人那样的野心，在月见山和小智战斗到一半，被菊子操控，深红岛一战后摆脱了控制，开始了自己新的生活，和原火箭队三干部兼毒系会馆馆主的阿桔在一起修炼，并在古柳老人的事件中出现，帮助了小智和小茂。芳缘地区的格斗系会馆馆主是志霸的朋友。