佛教徒大约在公元前二世纪（公元前199年~100年）中期开始使用念珠。念珠最初的起源是由古印度人以璎珞珠宝作为项链等装饰品而逐渐演变而来的。古印度的婆罗门教在佛教之前就开始使用念珠，在印度出土的一些二世纪以前的婆罗门像中已有项悬念珠了。在佛教之前，印度的事火处道（一种个印度的原始宗教，早已绝迹）的本尊就已手持念珠。
佛教早期比丘使用串珠用以记数、摄心。当时串珠为三十粒，黑白相间。佛教经典记载念珠起缘于《木穗子经》“常持数珠，无沦行住坐卧，一心念佛法僧名，满二十万遍升天，满一百万遍超生死。”以及《金刚顶瑜珈念珠经》《佛说校量数珠功德经》等经典对念珠的使用都有指示。
佛教于东汉初传入中国后，念珠也随着佛教在中土传播，并且演化出多种宗派形式，发扬光大而广为流传。东晋时期国人已开始知道使用念珠。至唐代念珠使用已相当普遍。在一些寺院里的准提菩萨、十一面观音像均增携念珠，罗汉像也有手持或项悬念珠的了。唐代道宣所著《续高僧传》已有“人各掐珠，口同佛号”的讲法。宋代大文豪苏东坡也曾有诗称赞“捧经持珠，杖则倚肩，植杖而起，经珠乃闲。不行不立，不坐不卧，问师此行，经杖何在。”《敦煌曲子词一一禅门十二时》称“日入酉，观身知不久，念念不离心，数珠恒在手。”《定格联章》云：“念观音，持势至，一串数珠安袖里，目前灾难不能侵，临终又得如睡眠。”可见，在当时佛教僧俗使用念珠已十分广泛。