1940年11月15日,醍醐忠重终于晋升为海军少将。
1941年10月20日,他担任第5潜水战队的司令官,同年12月8日真珠湾攻击开始,太平洋战争爆发了,他也开始了他战时的潜水舰队提督的日子,第五潜水战队最初是在南洋在马来亚作战中实施破交战,在醍醐少将的英明指挥和战队官兵出色的发挥下,第五潜水战队战果丰硕而自身无一损失,击沉多艘英荷商船(这些可怜的猎物多半属于荷兰)(谁说日本潜水舰不破交的
),其中伊158在歼灭英国Z舰队(日方称英国东洋舰队)的战事中发现了Z舰队,并尝试向“反击”号巡洋战舰实施了雷击,但无一命中;本队另一艘潜水舰伊166于1941年的圣诞节之日给荷兰人送上了别样的“祝贺”——其在婆罗洲北面用一条鱼雷击沉了荷兰潜水舰“K XVI”
,要知道在二战时期潜艇反潜战成功的事例少之又少,而这艘倒霉的荷兰潜水舰在一天前刚刚击沉了日本驱逐舰“狭霧”。本队后来又参与了中途岛海战,任务是布置潜艇警戒线,然而并没有起到什么作用。当然通过现在的考证已经知道,日军的潜艇警戒线并没有在米空母机动部队经过前就位,这是后话。
中途岛大败后的7月10日,第五潜水战队解队,醍醐少将于7月14日至8月31日曾经短暂地到军令部工作,后来回到吴港工作。1943年4月1日任第11潜水战队司令,该战队在这一时期进行了印度洋破交战,对于后期的日本潜舰来说,简直是放假——在执行东非破交战的潜舰中没有一艘是在任务中被击沉。同年10月20日再次被调到军令部,同年11月1日晋升海军中将。晋升中将后又回到基层工作,同年11月8日任第22特别根处地队指挥官,1944年8月23日任吴潜水战队司令。同年8月29日,由于经验丰富,被任命为吴港的海军潜水学校校长。