综合了一下动画60话和漫画16话来进行分析……
首先谈谈大的世界观上的问题，我认为龙珠超在设定上很坑，出现了“多个宇宙”以及“平行世界”这两个概念，很容易让人混淆。“多个宇宙”是凭空捏造的概念，一共13个宇宙，相互之间除了成对的有关联，其他就基本没啥关系了。“平行世界”则是科学上的概念，我猜测这个概念要高于“多个宇宙”的概念，意思就是每个“平行世界”都存在着这13个宇宙。
虽然在动漫里谈这些比较扯淡，不过用上面说的来对剧情进行解释起来就轻松多了。
1、关于时间机器：作用其实是穿梭到平行世界而并不是回到过去，因为现在悟空他们活着的世界已经不是大特的“过去”了。
2、关于比鲁斯说的神灭掉神一定会对所有时空产生影响：人类是低维（三维）生物，不管相互之间怎样都不可能影响到平行世界，而神是高维生物，可以在高维的层次上灭掉神，从而使得所有平行世界受到影响。大特世界的比鲁斯死了，从神的角度看只是某个平行世界的比鲁斯死了，实际上作为高维生物的破坏神还是活着的。
3、超级龙珠的神龙维度比破坏神更高，所以比鲁斯认为自己摧毁了扎马斯，实际上扎马斯已经通过对神龙许愿避免了死亡的命运。
4、总有吧友认为，是“未来“的扎马斯许的愿，所以杀了“过去”的扎马斯，那许愿也就不成立了。但是在平行世界这套理论中，”未来“的说法是不准确的，应该说是某个平行世界中的扎马斯许的愿，这其中肯定会存在一些祖父悖论之类的东西，毕竟动漫不可能严谨。但是扎马斯许愿肯定在被杀之前，因为没有扎马斯许愿就没有黑空，就没有大特穿越，也就没有后来的比鲁斯去杀扎马斯。
虽然以上说法纯属瞎扯，不过也欢迎吧友前来探讨Σ(っ °Д °;)っ反正编剧肯定不会想那么多，最后糊弄糊弄就过去了