关于他的悟道因缘，《六祖坛经》、《景德传灯录》、《宋高僧传》等，均有记载。但细节有所不同。《宋高僧传》卷八是这样记载的--
　　神会禅师一路风尘仆仆，来到曹溪，礼拜六祖。
　　六祖问：“从何所来？”
　　神会禅师道：“无所从来。”
　　六祖道：“汝不归去（你难道不回去）？”
　　神会禅师道：“一无所归。”
　　六祖道：“汝太茫茫（这样你不是太茫茫无据了吗）？”
　　神会禅师道：“身缘在路。”
　　六祖道：“犹自未到（既然身还在路上，那你尚未到曹溪）。”
　　神会禅师道：“今已得到，且无滞留（我现在已经到了曹溪，而且心无滞留）。”
　　从这段对话中，可以看出，神会禅师认为他已经证得了空性，路途与家舍已泯然无别。在途中不离家舍，既不在途中，又不在家舍。六祖当时对他可否，僧传中未曾提及，只是说他“居曹溪数载，后遍寻名迹。”

相对而言，《坛经》和《传灯录》中的记载要详细得多--
　　当时，神会禅师才十三岁，还是个沙弥，从玉泉寺前来礼谒六祖。
　　六祖道：“知识远来大艰辛，还将得本来否？若有本，则合识主，试说看（知识远来，很辛苦。你把根本带来了吗？如果带来了，应当知道你的主人公。请你说说看）。”
　　神会禅师回答道：“以无住为本，见即是主。”
　　六祖诃斥他说：“这沙弥争合（岂可、怎敢）取次（随便、草草）语（说话）！”
　　说完便打。
　　神会禅师挨棒后，私下想：“大善知识，历劫难逢。今既得遇，岂惜身命！”于是他决定留在曹溪，侍奉六祖。
　　神会禅师继续问六祖：“和尚坐禅，是见还是不见？”
　　六祖用拄杖打了神会禅师三下，问道：“吾打汝，是痛还是不痛？”
　　神会禅师道：“亦痛亦不痛。”
　　六祖道：“吾亦见亦不见。”

六祖道：“吾亦见亦不见。”
　　神会禅师问：“如何是亦见亦不见？”
　　六祖道：“吾之所见，常见自心过愆，不见他人是非好恶，是以亦见亦不见。汝言亦痛亦不痛如何？汝若不痛，同其木石；若痛，则同凡夫，即起恚恨。汝向前见不见是二边，痛不痛是生灭。汝自性且不见，敢尔弄人（敢这样糊弄人）？”
　　神会禅师听了，连忙礼拜，忏悔谢罪。

六祖继续开示道：“汝若心迷不见，问善知识觅路。汝若心悟，即自见性，依法修行。汝自迷不见自心，却来问吾见与不见。吾见自知，岂代汝迷！汝若自见，亦不代吾迷。何不自知自见，乃问吾见与不见？”
　　神会禅师再次谢罪，顶礼百余拜。从此殷勤执侍六祖，不离左右。

有一天，六祖上堂，告诉大众说：“吾有一物，无头无尾，无名无字，无背无面，诸人还识否？”
　　神会禅师从大众中走出来，回答道：“是诸法之本源，乃神会之佛性。”
　　六祖诃斥道：“向汝道无名无字，汝便唤作本源佛性！”
　　神会禅师于是礼拜而退。
　　六祖道：“此子向后，设有把茆盖头，也只成得个知解宗徒（这小子今后，即便住庵苦修，也只是个玩弄语言文字的知解宗徒）。”

在曹溪学法期间，神会禅师曾一度北上西京（长安）受戒。唐景龙年中，又回到曹溪，阅读大藏经。在阅藏的过程中，他曾就六处疑问，请问六祖，六祖一一为他作了解答：
　　第一问，关于“戒定慧”：“所用戒何物？定从何处修？慧因何处起？所见不通流。”
　　六祖答道：“定即定其心，将戒戒其行，性中常慧照，自见自知深。”
　　第二问：“本无今有有何物？本有今无无何物？诵经不见有无义，真似骑驴更觅驴。”
　　六祖答道：“前念恶业本无，后念善生今有。念念常行善行，后代人天不久。汝今正听吾言，吾即本无今有。”
　　第三问：“将生灭却灭，将灭灭却生？不了生灭义，所见似聋盲。”
　　六祖答道：“将生灭却灭，令人不执性。将灭灭却生，令人心离境。未即离二边，自除生灭病。”
　　第四问：“先顿而后渐，先渐而后顿？不悟顿渐人，心里常迷闷。”
　　六祖答道：“听法顿中渐，悟法渐中顿。修行顿中渐，证果渐中顿。顿渐是常因，悟中不迷闷。”
　　第五问：“先定后慧，先慧后定？定慧后初，何生为正？”
　　六祖答道：“常生清净心，定中而有慧。于境上无心，慧中而有定。定慧等无先，双修自心正。”
　　第六问：“先佛而后法，先法而后佛？佛法本根源，起从何处出？”
　　六祖答道：“说即先佛而后法，听即先法而后佛。若论佛法本根源，一切众生心里出。”
　　这六个问题是当时乃至后世经常引起人们争论的话题，同时也涉及到禅宗的一些根本性的东西。六祖对这六个问题的回答，对我们来说，是一个非常宝贵的资料，值得我们仔细地品味。

据《宋高僧传》记载，六祖入寂后，神会禅师离开了曹溪，前往京洛弘扬南宗顿教法门。后在河南滑台（今滑县）与北宗宗徒展开了激烈的辩论，使慧能大师的顿悟法门在北方大兴，而神秀渐修法门由是走向衰落。禅宗顿悟法门能够在北方广泛弘扬，神会禅师作出了巨大的贡献。神会禅师后因助郭子仪平定安史之乱有功，勅住荷泽寺。乾元元年（758），神会禅师寂于荆州开元寺，春秋七十五岁（亦说九十三岁），著有《显宗记》传世，人称荷泽禅师。