大鱼到底讲个一个什么故事？不脑补的话，故事应该如此

(湫一直等着椿回来，因为不明显，出于不脑补的目的特此标明)椿的父母见椿回来放下了心，可椿却心事重重。后来，她去找找了掌管百草的爷爷，爷爷和奶奶生活在一起，掌管鸟类的奶奶已经死去了，化作凤凰栖息在爷爷门口的树上。
椿问爷爷，我们会死吗？爷爷说谁都会死，死是永生之门，还告诉椿人类的灵魂会到如升楼，归灵婆掌握固执的椿在渡口吹奏着少年的乐器，这时一个雕像问，这是人间的声音，这乐器哪里来的。椿回答，是一个人类少年的，这少年被她害死了。于是雕像吐出一个信物，告诉椿你晚上来这里，我也许可以帮助你。
夜里，椿带着一盆花和信物出了家门
(这个花的用处预告片有解释，但是正片没有，以正片为最终标准。所以这里是疏漏)坐在窗口的湫听见椿的声音，很中二的用扔花盆吸引椿的注意，可心事重重的椿没有理睬他。于是湫悄悄跟着椿来到渡口，在渡口，雕像叫来了一个奇怪的船夫，(据说这个船夫改变体型安上脸和胡子然后在改变手的数量再去掉花纹粘上毛就来自千与千寻，因为他们都是白色的还戴着式样不同但都是红色的帽子)，船夫带着椿来到如升楼，见到了被猫围绕的灵婆。灵婆告诉椿，复活死人是逆天而行，会受到严厉的惩罚。椿告诉灵婆她欠少年一条命，必须还清欠下的。灵婆有些激动的说欠下的永远无法还清。却又说可怜椿，告诉椿要拿东西来换。刚开始灵婆说了眼睛，椿有些惊讶没有回答，后来灵婆说我要你一半寿命。椿同意了
灵婆拿走了椿一半寿命，给了椿少年灵魂化成的鱼，并且告诉椿两人已经性命相连接，如果鱼长大，少年就会复活，要是失败，少年就会魂飞魄散。

椿抱着装鱼的鱼缸回到家里，夜里，椿梦到少年已经复活，正冲着她微笑，可以偿还罪孽的椿终于有了笑容。第二天，爬上窗台偷窥？的湫发现了椿的秘密，并且从古书上找个一个名字给鱼，叫鲲。椿好像冷漠的赶走了湫，却用了这个名字下雨的时候，发现鲲能在鱼里飞的椿开心的和鲲在雨中起舞，她对鲲的感情慢慢深了。可是有一天，母亲发现了鱼，因为鱼是灵魂母亲觉得不祥认为女儿胡闹而扔掉了鲲。失落的鲲告诉了湫，湫带着鲲来到脏水垃圾聚集的地方找鲲，这时，椿第一次对湫说了谢谢。
神秘的女人鼠婆出现了，自称掌握着坏人的灵魂变成的老鼠，她答应找回鲲，但是要求和湫跳舞。椿推了湫一把恶作剧的在一边偷笑。而鼠婆果然让老鼠找到了鲲鲲越长越大，而这个世界的时候开始异样了，雨水甚至变咸了，同时一个孩子发现了鲲告诉了大家，幸好湫看见了和椿藏起了鲲。村长后土说现在气候异常，这种不该出现在这个世界的大鱼是不祥之兆，不可不除。
椿湫两人带着鲲躲在了一处放着棺材的地方胆大妄为的湫因为好奇棺材为什么会跳打开了棺材，一条双头蛇跳了出来，为了救椿，湫被双头蛇咬伤了，生命垂危。椿背着湫去找爷爷，并且展示了自己的力气和**的歌声。湫以为自己要死，给了椿一个雕刻着面具的石头。早预感到大限将到的爷爷用自己的生命救活了湫。临死前告诉椿，我知道你在做危险的事，很多人都会反对你，只要心是善良的，对错都是别人的事，明确告诉椿只要坚持善良，不要在意别人的评价。

爷爷死了。同时气候更加异常天降大雪。椿慢慢感觉到也许一切没那么简单，当湫说起世界上也许有天神，并问椿是否相信天神的时候，椿回答如果有天神一定会惩罚我的。并且告诉湫，自己用一半生命换了鲲，求湫在自己死后能帮忙照顾父母。村民怀疑着椿养怪物会带来灾难，叫椿去解释，这时湫听见鼠婆用老鼠传话说如果被人发现鲲，椿可能有危险。觉得鲲连累了椿并且可能会最终伤害椿的湫把鲲扔进了冰河。没有证据而敷衍过去的椿赶来知道了一切，激动的跳去河中救鲲，可她自己也被激流刺激昏迷过去。老鼠把她和鲲拖到没水的地方却偷走了鲲留下的乐器。原来，这才是无法接触阳光的鼠婆的目的。湫意识到鲲对于椿有多重要，终于去灵婆出，愿意用自己整条生命换回椿的生命。灵婆却说出大鱼无论离开还是死去椿都会死的秘密，并且非常隐晦的暗示湫三思。椿在昏迷中梦想鲲终于成为大鱼，醒来的她依然牵挂着鲲。湫有些失落的喝醉了，在岸边大声哭号着自己的爱是天神的爱。没人知道为什么。可是同时，海水倒灌，村民认为是不祥的大鱼让天发怒了。鼠婆对后土要求，只要接触封印，，我就告诉你鱼在哪里村民找到大鱼攻击大鱼，椿来不及考虑和村民甚至母亲动手(这里有另一个疏漏，椿爹被导演忘了)，而且也被打伤不得不逃走。基情满满的祝融和赤松子一边救人一边攻击他们认为带来灾难的大鱼。无助的椿抱着受了重伤的鲲说我依然不后悔认识你。无法保护大鱼的她问爷爷怎么办，爷爷燃烧自己召唤奶奶，椿和奶奶保护着大鱼。赤松子救了村民廷牧的妹妹却没找到廷牧。他们继续追杀大鱼，椿说大鱼是无辜的，他的妹妹在等他回去。赤松子忍不住问，你知不知道廷牧的妹妹也在等他，而他被你的鲲带来的大水淹么了

椿这才意识到自己不但没有弥补错误而且犯下了无法弥补的大错。她想去帮助村民，可村民不可能原谅罪魁祸首的椿椿知道鲲是无辜的，那么一切错的只能是自己了，于是她燃烧自己，借助爷爷的力量堵住了因为海水倒灌而不停落下的大水。l鲲没有走，折走了椿变成的一段树枝。灵婆出现，用湫换回的一半生命救回了椿，并且告诉椿你已经失去了法力，不属于这里了。现在不需要海天之门大鱼也能走，但是大鱼复活会忘了你，椿说没关系。她感谢灵婆，灵婆却小声说感谢那个换回你生命的人吧椿去送大鱼最后一程，路上遇见了湫。其实湫曾经想强行开启海天之门在众人追杀时送走大鱼，却因为能力不够失败了。唯一走了的反而是接触封印并且有人间信物乐器的鼠婆，她还嘲笑的说，只有人间信物才可以让鲲从这里离开。晚上，椿和湫纯洁的躺在一起，不知道为什么，似乎茫然的椿告诉湫他像哥哥一样。失落的湫想说点什么，却只能说出几个毫无意义的词语，冷吗，睡吧。椿忽然说，谢谢你，你是世界上对我最好的人。湫百感交集的哭了。第二天，大鱼终于依依不舍的离开了。这时湫吞了核桃，决定牺牲自己让椿离开，因为这是让椿活下去的唯一方法。椿想拉住湫的手，湫却从她手边消失了，只剩下泪流满面的椿。

人间，百年后的椿说人生永远无法了解，有的事情可能会错过，所以不妨大胆一些。当时在海边，因为比天神更强大的力量而变成贫乳的椿带着湫的信物向鲲伸出了手。
而湫，被灵婆复活了，成了灵婆的接班人