当蜂蜜的含水量超过21%时，就有可能发酵。发酵就是酵母菌在其中生长繁殖，消耗糖分产生酸和二氧化碳，使蜂蜜变酸并且产生大量气泡，品质遭受破坏，有时还可因发酵过程产生的大量二氧化碳气体而使盛蜂蜜容器发生爆炸，一般市售的蜂蜜水分含量低于21%，但由于蜂蜜具有吸湿性，如果保存不善，就会从**的空气中吸收水分，水分一旦提高，蜂蜜变稀了，也就容易发酵。
当气温在14～20℃时，蜂蜜最容易发酵。4℃以下或者30℃以上时，蜂蜜不容易发酵。因此，蜂蜜应当装在密闭的容器中并置于干燥、凉爽的地方保存，以防止发酵。