六年,疏请以建昌属河西、宁番两土司及阿都、阿史、纽结、歪溪诸地改土归流,河东宣慰司以其地之半改隶流官,升建昌为府,领三县,并釐定营汛职制,及善后诸事。下部议,如所请。定新设府曰宁远,县曰西昌、冕宁、盐源,又请改岷州两土司归流。寻分疏请升四川达州,陕西秦、阶二县为直隶州。七年,又分疏请升甘肃肃州为直隶州,陕西子午谷隘口增防守官兵,里塘、巴塘诸地,置宣抚、安抚诸司至千百户,视流官例题补。俱议行。雷波土司为乱,遣兵讨平之。
靖州诸生曾静遣其徒张熙投书锺琪,劝使反。锺琪与设誓,具得静始末,疏闻。上褒锺琪忠,遣侍郎杭奕禄等至湖南逮鞫治,语详杭奕禄传。
罗卜藏丹津之败也,走投准噶尔,其酋策妄阿喇布坦纳之。策妄阿喇布坦死,子噶尔丹策零立,数侵掠喀尔喀诸部。上命傅尔丹为靖边大将军,屯阿尔泰山,出北路;锺琪为宁远大将军,屯巴里坤,出西路:讨之。加锺琪少保,以四川提督纪成斌等参赞军务。锺琪率师至巴里坤,筑东西二城备储胥,简卒伍为深入计。八年五月,召锺琪及傅尔丹诣京师授方略,锺琪请以成斌护大将军印。科舍图岭者,界巴密、巴里坤间,锺琪设牧厂於此。准噶尔闻锺琪方入觐,乘间以二万馀人入犯,尽驱驼马去。成斌使副参领查廪以万人护牧厂,寇至不能御,走过总兵曹勷垒呼救;勷以轻骑往赴,战败亦走。总兵樊廷及副将冶大雄等将二千人,转战七昼夜。总兵张元佐督所部夹击,拔出两卡伦官兵,还所掠驼马强半。成斌欲罪查廪,既而释之,以捷闻。上已遣锺琪还镇,上谓当於卡伦外筑城驻兵,出游兵击敌,俾不敢深入,令锺琪详议。寻谕奖廷、大雄、元佐功,赐金予世职,遣内务府总管鄂善赍银十万犒师。立祠安西,祀阵亡将士。上以酒三爵遥酹,亦俾鄂善赍往设祭。
九年春,锺琪请移兵驻吐鲁番、巴尔库尔,为深入计。上谕曰:“锺琪前既轻言长驱直入,又为敌盗驼马,既耻且愤,必欲进剿,直捣巢穴,能必胜乎?”九年正月,锺琪部兵有自敌中脱归者,言噶尔丹策零将移驻哈喇沙尔,以大队赴西路,而令其将小策零敦多卜犯北路。锺琪以闻,并言敌将自吐鲁番侵哈密,扰安西、肃州边界。我军众寡莫敌,当持重坚壁固守,告北路遣兵应援,并调兵自无克克岭三面夹击。上谕曰:“前以锺琪军寡,谕令持重坚守,今已有二万九千人。樊廷马步二千,敌彼二万,转战七昼夜,犹足相当。乃以二万九千人而云众寡莫敌,何懦怯至此?且前欲直捣伊犁,岂有贼至数百里内转坚壁而不出乎?贼果至巴尔库尔,即败逃,亦从科舍图直走伊尔布尔和邵而遁。无克克岭相去二三百里,安所得夹击?锺琪於地势军机,茫然不知,朕实为烦忧。”
三月,准噶尔二千馀犯吐鲁番,成斌遣廷将四千人赴援,敌引退。四月,又以千馀人犯吐鲁番,别以二百馀人犯陶赖卡伦。六月,又以二千馀人围鲁谷庆城。吐鲁番回目额敏和卓等率所部奋击,杀二百馀人。锺琪议令元佐、勷及张存孝将三千人赴援。提督颜清如将二千人屯塔库,成斌将四千人防陶赖,俟我军进击乌鲁木齐,移回民入内地。上谕锺琪:“今年秋间袭击,是第一善策。援吐鲁番,乃不得已之举。若但筹画应援,而不计及袭击,是舍本而逐末也。”
鲁谷庆城围四十馀日不下,准噶尔移攻哈喇火州城,以梯登,回民击杀三百馀人。元佐等兵将至,敌引退。七月,准噶尔大举犯北路,傅尔丹之师大败於和通脑儿,锺琪请乘虚袭击乌鲁木齐。上谕锺琪:“贼既得志於北路,今冬仍往西路,且增添贼众,更多於侵犯北路,俱未可知。当先事图维,临时权变,勿贪功前进,勿坐失机宜。”并令略行袭击,即撤兵回营。锺琪自巴尔库尔经伊尔布尔和邵至阿察河,遇敌,击败之。逐至厄尔穆河,敌踞山梁以距。锺琪令元佐将步兵为右翼,成斌将马兵为左翼,勷及总兵王绪级自中路上山,参将黄正信率精锐自北山攻敌后,诸军奋进,夺所踞山梁,敌败走。谍言乌鲁木齐敌帐尽徙,乃引兵还。疏闻,上奖锺琪进退迟速俱合机宜。
十二月,上追举科舍图之役,责成斌怠忽,降沙州副将。十年正月,镜儿泉逻卒遇敌,杀其二,掠其一以去。锺琪劾副将马顺,上并以锺琪下部察议。俄,准噶尔三千馀人犯哈密,锺琪令勷、成斌将五千人自回落兔大坂,总兵纪豹将二千人自科舍图岭,分道赴援。又令副将军石云倬、常赉,镇安将军卓鼐分地设伏,待敌占天生圈山口,颜清如屯塔尔那沁,遣参将米彪、副将陈经纶分道御战,敌引去。勷等将至二堡,遇准噶尔五千馀人,即纵兵奋战一昼夜。敌登山,勷督兵围山,力战至午,敌溃遁。勷自二堡至柳拊泉,与经纶及副将焦景竑军会,乘夜追剿。锺琪使告云倬等,遣兵至无克克岭待敌,疏闻,上奖慰之。锺琪议城穆垒驻军,并命乘胜兴工。云倬等至无克克岭,锺琪令速赴梯子泉阻敌归路,卓鼐继其后。云倬迟发一日,敌自陶赖大坂西越向纳库山遁去。师至敌驻军处,馀火犹未息,云倬又令毋追袭。锺琪劾云倬偾事,夺官,逮京师治罪,以张广泗代为副将军。上谕曰:“岳锺琪素谙军旅,本非庸才,但以怀游移之见,致战守乖宜。前车之鉴,非止一端。嗣后当痛自省惕,壹