游戏讲述的是在《灰色的乐园》中发生的西斯·奥斯陆事件之后，由美国和日本联合组织的秘密反恐部队CIRS(防卫省中央调查部谍报2课分室)的存在被公众所认知。CIRS因此得到了重组，并变成了一个全新的组织：SORD(社会行动研究与发展机构)。
SORD在日本各地建立了一些特殊的学校来培养必要的人才，在废校之后被遗弃的“美滨学园”被收购后转为“特殊技能训练学校”使用。而这个学院中所收录的学生，全都是擅长使用枪械和有着丰富弹药知识的少女。而为了国防目的的需要，这些少女们被派遣前往了一个又一个危险的任务和战场。