编剧：日下秀宪
　　绘画：真斗（1~9卷） 山本智（10卷以上） 
　　风靡全球的Pokemon（中国译名神奇宝贝，中国香港译名为宠物小精灵，如果直译的话，就是口袋妖怪。）在游戏推出的同时也开始了漫画连载，特别篇从此诞生，并且深受口袋迷的欢迎，本作是从游戏中精选出感人的情节和惊险的场面而改编、绘制成的原创漫画，是口袋迷的最爱，该漫画在我国上市的较晚，不过今年连续推出了宝石篇。火红叶绿篇（红绿篇早在2000年就上市）让我们大饱眼福。红绿篇一共7本（2000年上市时的译名为宠物小精灵）金银篇7本上市时间2005年，宝石篇5本上市时间2005年，火红叶绿篇3本上市时间2008年（还在连载中），日本还在连载珍珠钻石篇和绿宝石篇。作为口袋迷当然不能错过啦！
　　《神奇宝贝特别篇》是一部正在《小学四年生》、《小学五年生》、《小学六年生》、《快乐龙》连载的神奇宝贝特别篇，新连载《钻石、珍珠篇》刚开始改在《小学三年生》连载，但目前又改回《小学六年生》。目前已经连载了300回以上。
　　故事情节主要是跟随神奇宝贝的Nintendo版游戏（从最初的“红.绿”版开始）进行的。这个漫画最大特点之一，每个主角分别对应任天堂所推出电玩版本（大小姐除外 预计将会代表白金版，火红.叶绿版则和红.绿版一样为小智和小茂）。这个代表角色不只是游戏中的登场人物，更有些(如小洛、绿宝石)是《神奇宝贝特别篇》的原创角色(当然，还是以游戏登场角色为多)，随着版本增多，这种主角也会越来越多。
　　故事的每一回标题几乎都是《VS XXX（XXX是某几只神奇宝贝）》（第三、四章的最终决战与第五章除外）。此外，故事虽然是以游戏情节为蓝本，但对于神奇宝贝的对战、世界观以及情节等等却有着一套自己的系统（和动画、电玩的设定有不少出入）。

第一章（红·绿·蓝篇）
　　·主角：小智、小茂、小蓝 
　　·反派：火箭队 
　　故事大意： 
　　真新镇里，有一位非常喜爱神奇宝贝的少年“小智”。为了让自己变的更强，小智造访大木研究所，并得到博士的认可，从他那得到了一个神奇宝贝图鉴和神奇宝贝“妙蛙种子”。大木博士还告诉他，只要将图鉴资料全部收集完成，他就能成为很厉害的神奇宝贝训练师。
　　小智并朝着这个目标，展开了他的旅程。旅途中，小智不时会遇到大木博士的孙子“小茂”，两人在旅程中亦敌亦友地互相成长；另外还遇到了一个神秘而机智的少女“小蓝”。
　　火箭队是个企图利用神奇宝贝来获取更多金钱及利用神奇宝贝的力量征服世界的邪恶组织，因为真新镇（纯白镇）拥有适合神奇宝贝居住的纯净环境，于是他们打算将真新镇（纯白镇）占为己有。小智、小茂、小蓝等人，因此来到火箭队的大本营－金黄市的西尔佛公司和火箭队进行决战，他们能够成功吗？
　　之后，小智来到了常磐森林。森林似乎发生了异变，使得在里面迷路的小女孩吓得惊魂未定。还好，小智将这个小女孩送回了她的家－常磐市。在常磐市里，小智也和火箭队馆长－坂木老大进行了激战。
　　之后，小智、小茂、小蓝等人，参加了三年一度的神奇宝贝联盟赛。到底冠军会奖落谁家呢？

[编辑本段]第二章（小黄篇）
　　·主角：小黄、小智、小茂、小蓝 
　　·反派：关都四天王 
　　剧情大纲： 
　　在小智等人与希尔佛公司激烈对战后的两年。某天，小智接到以四天王希巴所署名的挑战书，接受挑战后下落不明，只剩下伤痕累累的皮卡回到大木研究所。 
　　就在大木博士等人为了寻找小智而忙的不可开交时，戴着草帽的神秘少年“小黄”出现了。他取得大木博士的认可后，带着皮卡踏上寻找小智的旅程。 
　　在寻找小智的这段期间内，小黄数次和关都四天王发生战斗。其实关都四天王的真实目的是想要建立神奇宝贝的理想国，消灭所有人类，只留下同理念的优秀训练家。为达到此目的，四天王也派了他们的军团，抢夺能产生强大能量的八个道馆馆长徽章。 
　　之后，小黄来到红莲岛，听从道馆馆长夏伯的话，组成搭档前往四天王的大本营-深红岛。在那里，小黄遇上了小蓝、正辉、曾为小黄做过特训的小茂以及火箭队三干部。由于目的相同，于是他们决定暂时联手，分成四组，各自和四天王中的一人对战。他们究竟会怎样呢？

第三章（金·银·水晶篇）
　　·主角：金、银、水晶、小智、小茂、小蓝、小黄
　　·反派：戴面具的男子及火箭队残党 
　　故事大意： 
　　关都四天王之战过后一年，新的冒险在城都地方展开。和神奇宝贝情同手足的少年“金”，为了追查从空木研究所偷走小锯鳄及从大木博士那偷走新神奇宝贝图鉴的神秘少年“银”，带着火球鼠等神奇宝贝与好不容易争取回来的新图鉴一起踏上旅程。 
　　另一方面，为了收集图鉴的资料，大木博士找来了捕获专家“水晶”。三人究竟会在什么样的情况下聚集在一起呢？而水君、雷公、炎帝也从地震后的圆朱市苏醒了。他们会为训练师的旅程带来什么样的变化？ 
　　另外，阻挡在三人面前的神秘敌人－戴面具的男子，其真面目似乎是道馆馆长，为此神奇宝贝协会召集了关都和城都的道馆馆长，打算进行对抗战，并从中找出犯人。至于小智等关都的主角们也因为各自有事而来到了城都地方，和拥有新图鉴的三人会合。 
　　到底戴面具的男子召集火箭队残党、捕捉凤王和洛奇亚的目的为何？拥有历代图鉴的少男少女们能顺利阻止他的阴谋吗？道馆馆长也将进行精采的对决...！
　　紧张刺激的第三章故事，就此展开！

第四章（红宝石·蓝宝石篇）
　　·主角：路比、莎菲雅 
　　·反派：火岩队&水舰队 
　　故事大意： 
　　“戴面具的男子”事件发生后两年，在芳缘地区，一个刚从城都地方（小金市）搬来这的少年“路比”，为了参加这个地方的神奇宝贝华丽大赛，不顾父亲的反对，偷偷离家出走，没想到却因为巧合，遇上了野性化少女“莎菲雅”。 
　　莎菲雅是小田卷博士的女儿，由于莎菲雅是以得到方缘地区所有训练馆徽章为目标，而路比的目标是赢得方缘所有华丽大赛两人因此起了争执，于是并订下了80天的约定，看谁最快在期限内完成目标，以证明自己的实力，就这样，两人踏上了各自的旅程。 
　　同时，芳缘地方的两个神秘集团－火岩队和水舰队也在蠢蠢欲动，他们的目的是要让超古代神奇宝贝－固拉多和盖欧卡复活，好建造自己的理想世界，为此，丰缘地方的道馆馆长紧急召开会议，商讨对策。 
　　究竟有没有人能够阻止这两大集团的野心呢？路比和莎菲雅是否能达成自己的目标呢？又是什么命运将他们两个紧紧缠在一起呢？全新的传说即将展开！

[编辑本段]第五章（火红·叶绿篇）
　　主角：小智 小茂 小蓝 小黄 银
　　反派：火箭队（三兽士、坂木）
　　故事大意：超古代神奇宝贝复苏事件半年后，在关东，大木博士收回了小智，小茂和小蓝三人的图鉴。小蓝即将与父母见面。一个未知敌人的攻击破坏了重逢的喜悦，小蓝的父母消失。小智和小茂从企图破坏七岛的火箭队三兽士口中得知，攻击小蓝的神秘敌人是来自宇宙的DNA神奇宝贝代欧奇西斯，而代欧奇西斯本身与来自真新镇的图鉴拥有者互相吸引。三人为了战胜胜敌人向极梅婆婆学习了终极绝招，而意外中得知，这是火箭队坂木的阴谋。坂木意图抓住代欧奇西斯，得到全宇宙最大的力量，而借此寻找自己的儿子。而另一个DNA神奇宝贝超梦的出现，使这场战斗更为精彩……
　　银的真实身份也将被揭穿……

第六章（绿宝石篇）
　　·主角：米拉特、水晶、路比、莎菲雅、金、银、小智、小茂、小蓝、小黄
　　·反派：盔甲人（水梧桐）
　　故事大意： 
　　七之岛骚动约三个月后，被名为对战开拓区的神奇宝贝对战专业区开发完成，正筹备着开幕式。突然有名少年被梦幻神奇宝贝·拉帝亚斯及拉帝欧斯带到那里去。称为米拉特的他，没有携带任何神奇宝贝却热中于“神奇宝贝对战”，扬言要“称霸”对战开拓区。打算向对战塔提出挑战申请的米拉特，好巧不巧的打断了开幕式。米拉特当然被开拓之脑们训了一顿，但莅临的媒体却以为是开幕式的桥段之一，开拓之脑们为避免混乱，对媒体宣布设施开放的7天，将给予对战开拓区的挑战权，于是米拉特的对战之旅开始了。 
　　另一方面，几乎同时间“许愿星”在对战开拓区中觉醒，觊觎那股力量的魔爪正悄悄逼近…… 
　　主要连载于Pokemon Wonderland（从vol.9开始），单行本第26本开始连载

[编辑本段]第七章（钻石·珍珠篇）
　　·主角：钻石、珍珠、白金
　　·反派：银河队 
　　故事大意： 
　　这个故事是以游戏“钻石·珍珠”作为一个新章。名为“钻石·珍珠编”。主角分别是迪亚、帕鲁、贝立兹，是在2006年11月在小学三年级开始连载的一个新故事。还有，主角迪亚、帕鲁2人的性格，与前6章的主角的性格有很多差异。钻石和珍珠为了让幼稚园的小朋友能够有笑容，向着搞笑艺人为目标前进。有一天，2人在搞笑艺人的地方登场，获得了旅行卷（在一周内无限期使用真砂镇公园的自行车）。另一方面，神奥地区的有钱人家“ベルリッツ家”（未有正式中文翻释）里，贝立兹决定“为了手集家徽” 。