主轴结构
立式加工中心的主轴为垂直状态。
卧式加工中心的主轴为水平状态。
参考资料：成海数控加工中心http://www.skjgzx.org

立柱结构
立式加工中心的立柱一般不移动，为了追求刚性一般造得尽可能的粗壮。也有动柱式立式加工中心，动柱立式加工中心工作台只做X或Y向运动，立柱相应会做Y或X向运动，这种设计方式对立柱的驱动电机有较大的功率要求。
卧式加工中心的立柱一定是动柱式的，正T型的卧式加工中心立柱沿X向移动，倒T型的卧式加工中心立柱沿Z向移动。移动立柱的结构要求立柱必须在满足刚性的前提下尽可能的轻巧，国外加工中心常用钢板焊接结构来解决此类问题。

操作情况
立式加工中心装夹方便，便于操作，易于观察加工情况，调试程序容易。
卧式加工中心所加工工件普遍比较庞大，一体化程度较高，装夹困难，不容易监控加工过程，操作调试相对困难。

工作台
立式加工中心工作台一般为十字滑台结构的T型槽工作台，有两套运动机构负责相互垂直方向的工作台移动，X向进给的工作台覆盖在负责Y向进给的导轨之上。
卧式加工中心的工作台只做X或Y向运动，工作台形式一般为点阵螺孔台面的旋转式工作台，相对较容易选装交换式双工作台。