既有昌平线昌平西山口延长一站并出地，至新建南口东站，南口东站设交换场。用于既有昌平线和新建昌延线的换乘。南口东站至既有国铁南口站新建南口联络线。利用既有国铁南口站原54K线路所新建昌延线南口站，京包线54K-82K间线路增设第三轨。康延线新增复线，增设第三轨。鉴于目前京包线有三对国铁列车，国铁列车与昌延线列车运行模式参见港铁与直通车模式。

昌延线应满足最小有效站线长度236米的需要，因昌延线利用既有国铁线路运行，国铁站线550米满足昌延线运行需求。为满足昌延线与既有路网互联互通需求，昌延线才用与目前地铁限界一样的6节B型地铁列车，三轨受电。在昌延线本线运行时两列重连运行。

新建联络线:南口——昌平北
新建南口——昌平北联络线，利用既有昌平北站存车线改造为昌平北通勤场，昌平北站预留继续延京通线延长条件，与既有京通线分开。

新增复线:南口——清河
利用既有京包线两侧铁路土地，新建南口——清河复线电气化铁路。与既有京包线分开。开行通勤动车组，称为CR京包通勤线。在南口站与昌延线实现换乘。