明成祖挑选皇陵吉地，王贤集众家之长，用阴阳五行、日月星辰、山川地貌合一说绘成吉地图，很合皇帝的心意。皇帝命王贤监造皇陵，用时三年，皇陵建成，明成祖十分满意，便封王贤为天寿侯，授顺天府尹、光禄寺少卿。
京城乃政治、经济、军事中心，顺天府尹之位至关重要。当时，皇城北京正在建设之中，城内城外大军云集，民夫差役齐至，兵民杂处，权势纵横。他首先整饬衙署，派干将将顺天府衙整饬一新，对差班衙役严颁纲纪，制规造例，令有司明察暗访，罢免清除了一批奸猾残暴官吏，严厉惩办了一批扰民首恶，府衙的威信日见兴盛，奸猾之徒不敢妄行。王贤察民疾苦，减轻徭役，在东西长安街、地安门、王府井等地广开商埠，吸引外地商贩做买卖，第一年顺天府便实现赋税十万两。明成祖非常高兴，夸赞王贤说：“真乃天赐卿于联啊！”明成祖于是颁诏各地，重农举商，大兴作坊，推动了经济的繁荣。
王贤不仅心系百姓柴米油盐，而且为官洞察秋毫。他在延庆巡察时，遇到了一桩被屈打成招的案子。王贤不但缉拿真凶无赖归案，雪洗了被告的不白之冤，还问责了延庆府失察的过失，被民众传为美谈。有一次他正在坐堂，一公差模样的人腰悬金牌直闯大堂，宣称受某权势派遣，奉皇帝之命急调板席若干，王贤察觉到里面有诈，不动声色说道：“请公差明日来取。”于是连夜派人调查并禀告朝廷，确认是诈后，设下埋伏，等取板席的人一到，突然拿下。

王贤在顺天府任职满九年后，上书皇帝要求告老还乡，皇帝没有答应，升他为正二品。又过了两年，王贤再次上书皇帝，要求告老还乡，仍未获准。英宗复辟之初，他协助兵部侍郎于谦，力主众志成城抗击元军，反对迁都，建立了京城保卫战的奇功。后英宗皇帝下诏将王贤封为中奉大夫，官秩一品。到了73岁，王贤第三次上书力辞回乡，英宗答应他可以荣归故里了。京城出现了万人送王贤的场面，传为千古佳话。
王贤回到宁阳戴村，不以高官自居，古稀之年仍亲自下田锄地，农闲与乡贤吟诗作赋，寄情抒怀。这时，翰林学士许彬也告老还乡，二人常游历在山水之间，歌山颂水，淡泊明志。成化三年(1467)，83岁高龄的王贤寿终正寝，出殡之时，同乡人奔走哭嚎，十里八乡的人都来为王贤送葬。