挖并非全是如此。倒是设定成老碇知道唯的计划这么一回事，下面的故事就好解释了。老碇也知道人类补完计划就是灭亡全人类的实体形态，是不可接受的，然而父爱如山，老碇其实是爱着儿子小碇的，然而只是不能也没条件明面上表达而已。所以老碇手头有自己管制的Nerv机关，又有零号机初号机二号机这些能动用的东西，深思熟虑下决定了动用这些东西和坚决推行人类补完计划的SEELE分庭抗礼【一定要让人类补完计划破产！也是老碇的老婆，小碇的老妈唯的期望】。老碇为小碇着想【让儿子活下来】就只有一种办法，就是让他成为“圣子”，第三次冲击以后的世界就由小碇说了算。所以老碇选择了让自己成为“圣父”，而唯是“圣灵”部分灵魂碎片在初号机里而又一部分灵魂碎片在绫波丽身上[二代目三代目绫波丽都有]。根据三位一体理论，只要老碇和唯的灵魂再结合【同时，老碇已经把亚当的魂植入自己右手，再和作为圣灵莉莉丝灵魂容器的三代目绫波丽结合】老碇拥有了作为“圣父”的资格。而唯把自己融入到初号机里【初号机时时刻刻都在保护小碇，意料之外却也在情理之中】而初号机已经拥有s2机关已经成为等同于神的存在了，唯自己也能成为圣灵~这就为小碇成为圣子而活下来铺平了道路！
而结果果真如此，老碇的意识和亡妻唯相遇了（也满足了老碇的念想）而小碇也真的没有收到哪怕第三次冲击还是人类补完计划影响。