进码头的航道线只有一条（单通道），和站台数无关。

你应是升级为3级码头，并不是扩展了3个船位，升级了码头但只用了单线路，线路上轮船过多当然要排队一艘艘进码头啦。
3级码头是拥有6个站台的，点击码头弹出界面，点选Terminals选项就一目了然啦，从上往下排列着6个站台。
强烈建议你，当轮船过多造成拥堵时，（拥堵就会效率低下，特别是水运）应增加线路，再手动的调配好站台线路，尽量1个站台调配1条线路，然后再手动把拥堵的轮船调往其它线路即可。因为不同站台线路上的轮船是没关联的，只有在相同站台线路上的轮船才会造成拥堵，因此你问题才来源于此。

一条线上的交通工具只在线上的船位停，不会去其他船位