关于举办“分子动力学模拟技术与应用”培训班的通知
时间地点：（时间安排：第一天报到、授课三天）
1. “GROMACS分子动力学模拟技术与应用”培训班
2018年8月9日-2018年8月12日 北京
2. “AMBER分子动力学模拟技术与应用”培训班
2018年8月9日-2018年8月12日 北京
“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”
GROMACS基础
实例操作：编译安装GROMACS
实例操作：GROMACS基本建模工具使用
GROMACS建模计算
实例操作：建立水-甲醇-离子混合特定浓度溶液
实例操作：模拟水-甲醇-离子混合特定浓度溶液（加电磁场）
GROMACS数据分析
实例操作：提取各种数据、分析
生物大分子建模
实例操作：多肽分子在水溶剂环境下的建模练习。重点包括二硫键处理，氨基酸质子化状态处理，构建拓扑文件，添加周期性水盒子，添加平衡离子
模拟步骤
实例操作：模拟多肽分子的动力学过程。包括能量最小化，跑NVT， NPT平衡
数据分析
实例操作：包括在VMD中查看可视化的动态轨迹，分子轨迹的RMSD，计算回转半径、平均结构等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析
“AMBER分子动力学模拟技术与应用”
MD理论基础
1 分子动力学基本原理
课程2 Linux基础、AMBER软件基础及编译安装
课程3 模型文件的预处理
上机实践 AMBER实例：蛋白-配体复合物的预处理
平行实例：环糊精主客体复合物的预处理
课程4 能量优化、分子动力学模拟
上机实践 AMBER实例：能量优化、MD模拟（蛋白体系、环糊精体系）
能量计算
课程5 结合自由能计算
上机实践 AMBER实例：结合自由能计算（蛋白体系、环糊精体系）
课程6 结合自由能分解
上机实践 AMBER实例：结合自由能分解计算（蛋白体系、环糊精体系）
轨迹分析
课程7 分子动力学轨迹分析
上机实践 AMBER实例：分子动力学轨迹分析（蛋白体系、环糊精体系）
ASMD模拟
课程8 ASMD
上机实践 AMBER实例：ASMD模拟（蛋白体系、环糊精体系）
报名电话：13522836854 （同微信） 报名QQ: 1424808077
每班每人￥3300元（含报名费、培训费、资料费），食宿可统一安排，费用自理。
凡7月26日之前报名汇款的学员享受￥2880元惊爆价（每班限前15名），7月26日之后恢复原价
详细课程内容
另有第一型原理和LAMMPS的培训
http://flac3d.cn/hdp/qb/jh.html