长期以来，我国各类自然资源调查标准和数据受部门管理体制和方式的影响，由各部门统计的数据存在标准不统一、权属不清晰、空间交叉重叠甚至相互冲突的问题，尤其是在耕地、林地、草地、滩涂等数据上，交叉重叠问题比较突出，对统一编制空间规划及各类规划、权属管理等带来巨大影响。
　　针对上述问题，2006年12月，国务院部署开展了第二次全国土地调查。此次调查以“国家总体控制”为目标，首次采用了统一土地利用分类国家标准、“三下两上”的政府组织模式以及覆盖全国的遥感影像调查底图，实现了图、数、实地一致，做到了基础数据（既有资源属性、又有产权属性）的全面、真实、准确。而且自2010年开始，全国每年按照第二次全国土地调查的工作制度、分类标准、组织流程和技术手段，持续开展年度变更调查，及时更新，维护了调查成果的现势性。2013年，第二次全国土地调查成果先后向国务院常务会议、中央政治局常委会议、中央政治局会议汇报并审议通过；经中央决策，对全国和分省土地资源数据成果进行了公布应用。应该说，第二次全国土地调查不仅较好地解决了土地资源及其承载自然资源调查数据标准口径不统一、地类范围重叠、基础数据交叉的问题，其权威性也不言而喻。座谈中，有些专家反映，第二次全国土地调查数据成果在应用实践中受各部门原有数据影响，数据冲突打架问题仍很突出，在改革中应予以切实关注并加以解决。
　　在当前自然资源部门体制、职责统一的前提下，各项空间规划亟须依据统一权威的基础数据作支撑。许多专家建议，为适应各项工作的急需，应首先以第二次全国土地调查及年度变更调查数据为主，地理国情普查等调查数据为辅，修订和完善各类自然资源的基础数据，以此组织开展空间规划和自然资源管理工作。长远而言，应以第三次全国土地调查为契机，进一步完善全国统一规范的各类自然资源调查评价体系、标准和监测运行模式，以落实自然资源调查评价国家事权。同时，要加快对基础标准、法律规范、管理流程、信息化平台的梳理整合，对各类自然资源调查历史数据的处理，以修正基础数据的交叉重叠部分，从根本上解决调查体制不适应，调查技术不全面、标准不统一、数据不一致等问题。