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转录组二代测序科普

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Q1 :转录组测序能解决哪些问题?
(1)差异基因分析:
选用来自不同生理或病理状态组织/细胞的样本为研究对象,通过分析各样本基因表达情况,进行表达差异分析,从而筛选出与其状态相关的候选基因。
(2)差异基因富集分析:
对筛选到的差异基因进行功能富集分析(GO,KEGG 富集分析),进一步全面地挖掘与样本性状相关的分子机制。
(3)分子标记开发:
通过转录组测序进行SNP、SSR 等分析,能够更加全面高效地挖掘样本的分子标记。该分析广泛应用于遗传育种、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。
(4)模式生物转录本深入研究:
对已有参考基因组的模式生物,转录组测序可以更加深入地分析其基因结构相关信息,包括分析可变剪切、基因融合、新转录本的预测和注释、lncRNA 的预测等。
Q2 :送样要求?
1) 组织样品
动物组织:> 2g;植物组织:> 4g;培养细胞:> 1×107 个;血液样品:≥ 2ml(最好是全血)
2) 真核生物RNA
请提供浓度≥ 200ng/μL,总量≥10μg 的RNA(单次建库用量为5μg);
OD260/280介于1.8~2.2 之间,OD260/230≥2.0,RIN≥6.5,28S:18S ≥1.0,确保RNA 无降解;
送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm 膜密封;
样品保存期间切忌反复冻融;送样时请使用干冰运输。
3) 原核生物RNA
请提供浓度≥200ng/μL,总量≥10μg 的RNA(单次建库用量为5μg);
OD260/280 介于1.8~2.2 之间,OD260/230≥2.0,RIN≥6.5,23S:16S ≥1.0,确保RNA 无降解;
送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm 膜密封;
样品保存期间切忌反复冻融;送样时请使用干冰运输。


1楼2018-09-12 13:25回复