万历三十七年（1609年），荷兰又侵入澎湖连横《台湾通史·卷3·军备志》载“万历三十七年（1609年），荷人突入澎湖，嗣为总兵俞咨皋所逐”
天启二年（1622年）六月（公历7月），荷兰殖民者再度派遣远征舰队司令（提督）雷尔生（，或译作“雷约兹”）率领军舰艘（一说7艘），兵力2000人，从马宫（今马公）附近的红木埕登陆，入侵澎湖列岛，掳掠渔船600多艘，并役使当地居民500人，修筑了4座城堡和许多炮台被虐死者达200多人，剩下侥幸没死的也被运到印尼爪哇卖作奴隶
清·光绪《澎湖厅志·卷》载“天启二年，外寇据澎湖”“万历末，外夷复入北港（属台湾岛）；天启二年，出据澎湖，筑城守之；又泊船风匮仔尾，出没浯屿、东淀间；海寇李旦复助之，海滨戒严”
另有史料曰“天启二年，荷兰出据澎湖，筑城守之，意求互市守土官惧祸，说以毁城远徙，即许互市红毛从之，毁其城，移舟去巡抚商周祚以遵谕远徙上闻，然其据台湾者自若也已而互市不成，红毛怨，复筑城，掠渔舟六百余，俾华人运土石助筑寻犯厦门，官军御之，俘斩数人，乃诡词求款再许毁城远徙，而修筑如故已又泊舟风柜仔尾，出没浯屿、白坑、东椗、莆头、古雷、洪屿、沙洲、甲洲间而海寇李旦复助之滨海郡邑戒严”
连横 《台湾通史·卷3·军备志》载“天启二年，（荷兰）复至，戍兵已撒，遂踞而有之”“天启二年，荷将高律乘戍兵单薄，以十余舟入澎湖，据焉因山为城，环海为池，破浪长驱，肆毒漳、泉”
荷兰殖民者占据澎湖后，一面不断要胁与福建互市（通商贸易）；一面又勾结海盗，骚扰厦门、海澄一带

福建巡抚商周祚屡屡晓谕雷尔生，提议荷兰人退出澎湖迁往台湾来交换通商。据英国东印度公司档案1923年（天启三年）公历2月23日由Batavia寄呈董事会之信件称“国使节向荷兰人提议荷兰人如愿放弃澎湖群岛，而迁往台湾，则可准其通商该公使亦曾向我方提议，如我方愿往台湾，亦可同样通商” 但荷兰人因已在澎湖打下根基，雷尔生依仗着强悍的武力，不肯退让
部议出兵
天启三年（1624年），继任福建巡抚南居益派遣使者至南洋爪哇巴达维亚城，与荷兰东印度公司论理荷人竟口吐狂言，威胁说，已大集战舰澎湖群岛，如若国朝廷不允其驻扎该岛，便兵戈相见
南居益亲自视察海域，派俞咨皋、守备王梦熊等人带领军队先后在铜山（今福建东山）、厦门鼓浪屿海面击败来犯的荷兰海盗船，活捉而论那、牛来律等七十名并于天启三年（1623年）九月五日施行“海禁”
福建巡抚南居益见荷兰人“筑城澎湖为持久计”，知道非以武力驱逐不可，态度转为强硬，召福建总兵俞咨皋商议后，决定采取武力對抗
清·光绪《澎湖厅志·卷》载“天启四年（1624年），巡抚南居益上言‘番船五艘复至，与风匮仔船合凡十一艘，其势愈炽，声言该国已大集战艘，议聚澎湖求互市若不见许，必至构兵为今日计，非用兵不可'；因列上调兵足饷方略部议从之”
另有资料载“先是，居益上言‘臣入境以来，闻番船五艘复至，与风柜仔船合凡十有一艘，其势愈炽有小校陈士瑛者，先遣往咬吧宣谕其王，至三角屿，遇红毛船，言咬吧王已往阿南国，因与士瑛偕至大泥谒其王王言咬吧国主已大集战舰，议往澎湖求互市；若不见许，必至构兵盖阿南即红毛番国，而咬吧、大泥与之合谋，必不可以理论为今日计，非用兵不可'因列上调兵足饷方略，部议从之”

誓师渡海出击
天启四年（1624年）正月初二日(公历2月日)正式誓师，南居益亲自浮海至金门，下令渡海出击澎湖
总兵俞咨皋、守备王梦熊统率战船40多艘、兵卒2000人，以迅雷不及掩耳之势直逼澎湖，经由列岛北部的吉贝屿，一举拿下澎湖要冲镇海港，边筑城边战斗荷军突遭猛击，由妈宫屿仓皇退到西南部的风柜尾屿，企图死守
明·《熹宗实录》载“天启四年正月初二日，繇吉贝突入镇海港，且击且筑，垒一石城为营屡出奋攻，各有斩获，夷退守风柜一城”
清·光绪《澎湖厅志·卷》亦载“（天启四年）正月，遣将先城镇海港，且筑且战番人退守风匮城”
风柜尾屿三面环海，陆上则与莳上屿一线可通，荷军于此屿掘沟列舰，严加防守俞咨皋夺取妈宫屿后，继续攻击风柜尾屿然风柜尾荷军炮台坚固如铁，久攻不下
第二次增兵
俞咨皋向南居益建议，应另以明军兵船攻击荷船，取得海上优势，大军方可登录，南居益见大明海上军力不若荷兰人，将打败荷兰人的重责大任寄托在郑芝龙身上，于是招安郑芝龙等，授以官职，命其牽制荷舰
南居益请调精兵增援，并亲临海上督师先行攻击敌舰，以战船、火船、舢板等将荷军巨舰团团包围，荷舰被击沉、击伤，逃上风柜尾，龟缩于炮台，负隅顽抗明船一接近白沙湾，荷兰军舰便施以炮击，若离开，荷舰则不予追击，俞咨皋无计可施
《明·熹宗实录》载“是月，南院二次策应舟师，委加衔都司顾思忠等统领至彭湖镇海会齐，嗣是攻打无虚，而夷犹然不去”
第三次增兵
到五月，澎湖仍未攻下来，荷兰人仍在坚守明军不得不派出第二次增援部队100多艘战船，增兵至10000人，对荷兰侵略军形成包围之势，准备一举攻下澎湖
《明·熹宗实录》载“南军门虑师老财匮，于四月内又行巡海二道，亲历海上，会同漳、泉二道，督第三次接应舟师委海道孙国祯，督同水标刘游击、彭湖把总洪际元、洪应斗驾船，于五月二十日到娘妈宫前……”
僵持
当时与荷兰人私下贸易的海商海盗团伙都在跃跃欲试想要支援荷兰人，他们正在聚集在澎湖海域上俞咨皋曾就此事向南居益报告说“今倭夷连和，奸盗党附，我孤军渡澎，宾主倒置，利害判于斯须，胜负殊难期必事急矣！”
六月十五日(公历7月29日)，在得到新来的火铳部队支援后，俞咨皋率军再次起总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，用大炮轰击城堡，并断绝城内水源，然后又成僵持状态
议和
夏，荷兰提督雷尔生辞职，宋克(martinus sonck，或译作孙克)继任荷兰舰队司令
公历月3日，宋克抵达澎湖，他现形势已十分严峻据当时荷兰人写的《巴达维亚日记》(村上直次郎译注、村孝志校注，东京平凡社，1974年)载，宋克报告说“白沙岛驻有**约四千人与兵船一百五十艘，以后兵数逐渐增加，至是月旬，增至一万，进出澎湖岛荷兰人虽将台窝湾（今台湾安平）之砦破坏，调回其守备兵，然白人不过百五十人，其少年兵有一百十一人，病人亦属不少，到底难以对抗”
当时明军坚持战斗的决心已使宋克对局势有更深刻的认识，而且明军拥有的人力优势！《巴达维亚日记》载宋克承认“国人不但拥有一万人及包括战船、击沉船、火船等合计戎克船二百艘，而且国对我方有令人难以置信之戎克船兵士等大量准备，盖战争系奉国国王之特命所行……我们若不肯离开，他们诉诸武力，直到将我们从澎湖岛逐出国境外为止”所以，宋克认为荷兰方面没有派来支援力量，自己部队再继续战斗下去已没有希望了，必须谈判解决这场冲突

为郑芝龙事下狱、革职
《明史·列传4·熊灿》载“熊灿……崇祯元年起福建左布政使三月，就拜右佥都御史，巡抚其地海上故多剧盗，袁进、李忠既降，杨六、杨七及郑芝龙继起总兵官俞咨皋招六、七降，芝龙猖獗如故然芝龙常败都司洪先春，释不追；获一游击，不杀；咨皋战败，纵之走当事知其可抚，遣使谕降之”
郑芝龙屡破官兵，占领左所（今厦门）后，已经坐大，成为一支官府无法控制的力量当时，将全部罪过归之于俞咨皋。
初，巡抚朱钦相招抚海寇杨六、杨七等，郑芝龙求返內地，杨六绐其金不为通，郑芝龙遂流劫海上
《國榷》载“天启六年七月己亥，福建总兵俞咨皋议抚海寇杨禄（杨六）、杨策（杨七）等，抚按皆从之自是，贼日甚”
《长编》载“崇祯元年正月己丑，时闽寇郑芝龙猖獗海上，闽人多言闽帅俞咨皋实致之”
《漳州府志·卷27·宦绩4·明把总·蔡以藩》载“蔡以藩，泉州人……崇祯间，授海澄营把总视师甫三日，贼入寇……援绝，以藩力战死……澄人相率诣郡，请立祠以表忠魂郡守施邦曜署其牍曰‘坐以藩香火堂上而塑二逃帅俞咨皋、陈跪於庭'事随不果，正自有关风教，人传以为美谈”
崇祯元年正月，工科给事颜继祖弹劾俞咨皋
疏曰“海盗郑芝龙生长于泉（泉州），聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗总兵俞咨皋招抚之议，实饱贼囊旧抚朱钦相听其收海盗杨六、杨七以为用夫抚寇之后，必散于原籍而咨皋招之海，即置之海，今日受抚，明日为寇昨岁左所之变，杨六、杨七杳然无踪，咨皋始缩舌无辞，故闽帅（俞咨皋）不可不去也”
又曰“钱神有灵，冰山足倚，听强寇蹂躏内地同安、海澄间，故闽帅不可不去”
疏入，逮咨皋下于大理寺

《明史·列传39·钱龙锡》载“庄烈帝（思宗·朱由检）即位……海寇犯左所，总兵官俞咨皋弃城遁，罪当诛”
三月，福建巡抚朱一冯罢官，由熊灿接任；俞咨皋本拟死罪，后免死，革去世袭军职
崇祯元年，十一月刑科给事刘斯涞为朱一冯鸣不平时，尽管是年九月郑芝龙已受抚于新任巡抚熊灿，仍将罪过归于俞咨皋“言‘闽寇乱，肇自俞咨皋而借抚修剿，旧抚朱钦相实多苦心，何以有薏苡之疑？朱一冯受事于库藏如洗之日，指臂不灵，姑以病请，何以坐规避之条？以身危奉上之抚臣，反代逐贼脱逃之秽并分过，又宁有为国家任事者乎！'帝责其代辩，不听”。

居然还在