金水宝胶囊和百令胶囊的主要功效都是补肺益肾，秘精益气，都可以用于治疗腰酸背痛、慢性支气管炎、久咳虚喘等症，并可以提升免疫力，区别在于，百令胶囊可用于肿瘤的辅助治疗，金水宝胶囊可以用于月经不调、阳痿早泄等的治疗，还可以辅助三高的治疗，二者在某些治疗病症上有所差别。

某物质含量不一样，百令对慢支效果更好。