一般不会有质粒DNA，我们采样分离微生物培养，国产试剂盒试验过的BIOG提基因组dna，都没有质粒污染。只要不是提含高拷贝质粒的工程菌的基因组应该都没有问题。即使真存在质粒污染，依然可以使用琼脂糖电泳纯化，切胶回收方式去除。