查克拉来源！
查克拉来源神树，由夜辉姬带入忍界种植在祖之国，然后神树掠夺自然能量快速成长，最终结出查克拉果实被夜辉姬吞食获取了神树的力量！同时由于夜辉姬服用查克拉果实的时候已经怀孕，查克拉果实的力量改造夜辉姬的同时也改造了她的双胞胎孩子获取了神树力量的改造。这双胞胎就是大筒木羽衣（六道仙人）与弟弟大筒木羽村。
多年后双胞胎长大后有了自己思想，羽翼渐渐丰满后由于母亲夜辉姬理念不合，羽衣羽村两兄弟决定阻止母亲施展无限月读控制人类而展开了救世行动！
大战过后两兄弟合力把夜辉姬封印道月球上，还世界一个太平。但是大战时打碎了神树，哪些碎片带着强大的侵蚀性，能污染环境和动物向神树同化并且致命。这些无数大少不一的神树碎屏飞向各方，引起后来六道之子因陀罗与啊修罗的真斗。也是查克拉的起源篇章。
人类被神树力量污染获取了神树基因，并且能遗传给后世子孙。六道见此创立忍宗传播查克拉修行法，因陀罗与啊修罗进行完善才有了忍术的出现。
这是查克拉起源，这里可以看出很多事情。神树力量污染才能让人修行查克拉并且有遗传性。所以说查克拉不是单纯的身体能量与精神力的结合，而是神树基因提取能量结合精神力才有查克拉的出现！
同时有理由怀疑神树力量也会侵蚀灵魂，见阳阴遁的特性效果！

在我看来查克拉就是一种妖力，它侵蚀人类基因让人类产生妖化。
见夜辉姬与六道级的几个人，没有一个是正常单纯的人类，全带返祖效果向神树本质靠拢。
也就是说查克拉修行就是一种返祖的修行，顶点就是神树。查克拉修行是无法超过神树力量的，因为神树就是查克拉的起源。所以血脉的浓度决定了修行的速度，所以火影忍者世间需要比拼血脉。
修行体系有局限，无法超越神树，神树级别在多元宇宙中微不足道，放在犬夜叉世界是大妖，放到仙剑奇侠也不弱于水魔兽。但是一旦到了仙侠玄幻就是弱鸡，蜀山与永生中强不过金丹，蹦跶不了几下就挂了。对比可见神树体系很弱。
不要扯夜辉姬杀不死的话，这只是查克拉性质问题，作为查克拉始祖单纯的查克拉无法伤害夜辉姬是因为本源相同作为源头能快速同化吸收查克拉罢了，即便是仙术也是查克拉的混合品，面对快速回复能力强大的夜辉姬，这点伤害等于一亿血的boss带高强恢复力无视了英雄的攻击伤害效果，所以看上去就是不死身。
但哪有真的不死身，夜辉姬能比得上该隐还是比得上万恶之源或者神话生物？不用那些丢世界玩的大能出手，毕竟我不信夜辉姬比得上这些人。
就一拳毁灭地球的强者如赛亚人和一拳超人就都能打死夜辉姬，所以火影体系很弱。
而且接近妖力，对于那些玄幻体系，仙侠体系来说就是枷锁！

修仙和修道两个体系都很看中血脉，修道需要的是纯人类，那些杂乱的血脉影响修行一般是不要的。不要扯血脉有益的话，修道本质决定单纯的人是道体，其余都是垃圾。
修仙对血脉就要求高一些，越接近道越好，如大能神兽的血脉。但神树算什么？唯一优点就是吸收能量掠夺能量，但是修仙修道那个不会，阴阳五行个个倒着玩得6飞了，神树有啥？所以神树查克拉体系有巨大局限，最强的神树也不过金丹而已，比起先天灵根和后天灵根是远远不如。
只要是树木类的大妖都能做得到神树做到的，所以要讲火影高级世界的就不要吹了。
我觉得火影其实和风云差不多，要知道风云世界还有一个半边神能跨时间打人，神树抗得了吗？

楼主分析的很好，我也是二次元迷，了解过各种二次元体系。一直感觉火影体系的查克拉有很大局限，除了靠血脉，普通人很难成为强者，修炼体系很不完整。像冰、木这些必须靠血统才能修炼比起仙侠这些凡人修炼成仙的差了太多。但是，忍术的威力描写的也太夸张了点，比仙侠中的同级别法术要强的多呀。至少，仙侠中修炼几年的没有修炼几年查克拉的忍术威力强。