这是什么教科书？
此种烂句，可以算国内日语教学水平的经典范例了。

如果是我的话想要表达那个意思我大概想到的句子是这样：
どうやって東京に来るんですか
東京へくるってどうやってくるんですか
至于你那个对不对，我觉得不重要，虽然看起来是对的，但是没听过

倒过来是可以的。但是，包括书上的原句，建议“何”不要使用汉字，用假名，因为同时用两种读法造成歧义。
なんで 京都へ 来ましたか--为什么要到京都来？
なにで 京都へ 来ましたか--用什么方法（交通工具）来京都的？

你这样是中式日语，语法不对

完全可以的

语法正确

会有歧义，“你为什么来”也是这么说的。

可以的，学东西要学会变通，你学的是语法，不是书本上的死句子

完全可以。

完全可以。

没毛病