蛋白质测序价格在每个公司的定价存在较大的差异。目前，生物学家可以通过已有的核心技术和商业公司获得基本完整的转录组信息及分析结果，但是就蛋白组学相关研究而言，商业化运作的公司在蛋白质测序的速度、成本、准确度水平上参差不齐，行业总体水平在通量、稳定性和重现性方面还有很大发展空间。所以各公司根据测序成本、速度等方面的不同，蛋白质测序价格也有很大的不同。
蛋白从头测序是一个横跨蛋白质组学、生物信息学的领域，对设备、人员和分析软件的要求很高。因此，影响蛋白从头测序准确度的因素主要包括了设备、人员和相关的分析软件。目前主流的测序服务基本都需要使用高分辨的质谱仪，仪器本身比较昂贵，维护成本较高；因此，是否有自身的实验室成为影响测序服务质量的重要因素，也成为判读测序商业化水平的重要标准；另外，相关的报告分析人员是否有丰富的专业经验也是至关重要。由于这一领域较新，相关的高端人才较为稀缺。更为重要的是，分析软件的核心算法直接决定了测序的速度和准确度，而要有一套高效、准确的核心算法，没有在这生物信息学一领域多年的沉淀和积累，是无法实现的。
蛋白质测序行业发展很快，目前在行业中遥遥领先的个别公司已经能够在一周之内提供精确的测序结果。随着技术的发展，这一速度可能会更快，相应的成本也会降低。这主要得益于软件的算法和计算能力的不断发展。同时随着经济的发展，如今的蛋白质测序价格与以往相比已不再贵。
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